Zeszyty czasopisma

AHEAD OF PRINT

Tom 61 (2022): Zeszyt 4 (December 2022)

Tom 61 (2022): Zeszyt 3 (September 2022)

Tom 61 (2022): Zeszyt 2 (June 2022)

Tom 61 (2022): Zeszyt 1 (March 2022)

Tom 60 (2021): Zeszyt 4 (December 2021)

Tom 60 (2021): Zeszyt 3 (January 2021)

Tom 60 (2021): Zeszyt 2 (January 2021)

Tom 60 (2021): Zeszyt 1 (January 2021)

Tom 59 (2020): Zeszyt 4 (December 2020)

Tom 59 (2020): Zeszyt 3 (January 2020)

Tom 59 (2020): Zeszyt 2 (January 2020)

Tom 59 (2020): Zeszyt 1 (January 2020)

Tom 58 (2019): Zeszyt 4 (January 2019)

Tom 58 (2019): Zeszyt 3 (January 2019)

Tom 58 (2019): Zeszyt 2 (January 2019)

Tom 58 (2019): Zeszyt 1 (January 2019)

Tom 57 (2018): Zeszyt 4 (January 2018)

Tom 57 (2018): Zeszyt 3 (January 2018)

Tom 57 (2018): Zeszyt 2 (January 2018)

Tom 57 (2018): Zeszyt 1 (January 2018)

Tom 56 (2017): Zeszyt 4 (January 2017)

Tom 56 (2017): Zeszyt 3 (January 2017)

Tom 56 (2017): Zeszyt 2 (January 2017)

Tom 56 (2017): Zeszyt 1 (January 2017)

Informacje o czasopiśmie
Format
Czasopismo
eISSN
2545-3149
Pierwsze wydanie
01 Mar 1961
Częstotliwość wydawania
4 razy w roku
Języki
Angielski, Polski

Wyszukiwanie

Tom 60 (2021): Zeszyt 1 (January 2021)

Informacje o czasopiśmie
Format
Czasopismo
eISSN
2545-3149
Pierwsze wydanie
01 Mar 1961
Częstotliwość wydawania
4 razy w roku
Języki
Angielski, Polski

Wyszukiwanie

8 Artykułów
Otwarty dostęp

Selected Aspects Of The Crispr-Cas Biology And Applications

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 3 - 12

Abstrakt

Abstract

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated proteins are components of the adaptive immunity system, protecting against foreign DNA, which are present in many bacteria species. Recent years have brought extensive research on this system however, not all of its biological properties have been discovered so far. It was recently discovered that CRISPR-Cas can regulate the formation of biofilm and is closely associated with the DNA repair system in bacterial cells. It is also likely that some of the spacer sequences are complementary to short sequences in the bacterial genome, which may have an influence on regulation of bacterial genes, e.g. virulence factors. Besides, phages can synthesize anti-CRISPR genes, which could be of use in the future for the purpose of development of an alternative therapy against multi-drug resistant bacterial strains. Here we present an elementary characteristic of CRISPR-Cas system, including the structure and the brief mechanism of action, systematic classification and its importance for medicine and biotechnology issues. We would like to stress the huge potential of CRISPR-Cas by discussing the selected but varied aspects.

1. Introduction. 2. Structure, operation and differences. 3. Bacterial typing. 4. Correlation with bacterial pathogenicity. 5. Potential tool for medicine. 5.1. CRISPR-tool for genome editing. 5.2. Instances of CRISPR-tool strategies in medicine. 6. Phage response. 7. Conclusions

Słowa kluczowe

  • CRISPR
  • Cas
  • bacterial pathogenicity
  • anti-CRISPR proteins
  • genome editing
Otwarty dostęp

Novel Sars-Cov-2 Pandemic Transmission With Ongoing Antiviral Therapies And Vaccine Design

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 13 - 20

Abstrakt

Abstract

Starting from the end of 2019 the new SARs-CoV-2 virus, in the period of a few months, had spread to 210 countries and its territories. The Wuhan wild animal market, in Hubei province, China is considered the epicenter of this pandemic. WHO declared the name COVID-19 to designate the disease caused by the SARS-CoV-2 virus. It is the third coronavirus pandemic after SARS in 2002–2003 and MERS-CoV in 2012. Genome sequencing of this new COVID-19/SARS-CoV-2 virus shows slight genetic diversity when compared to other coronaviruses. Owing to its pathogenesis, and less known replication cycle, no universal antiviral treatment can be applied and vaccine preparation is still a larger challenge. The present article will highlight transmission, pandemic status, genetic diversity current antiviral therapy, and vaccine trials for COVID-19.

1. Introduction. 2. Pathogenesis of coronaviruses. 3. Genetic diversity. 4. Transmission. 5. Vaccination strategies against COVID-19. 6. In Process Vaccination strategies against COVID-19. 7. Lack of antiviral treatment and antiviral treatment studies. 8. Precautions. 9. Conclusions

Słowa kluczowe

  • SARs-CoV-2
  • WHO
  • viral genome
  • COVID-19
Otwarty dostęp

Thanatomicrobiome – State Of The Art And Future Directions

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 21 - 29

Abstrakt

Abstract

Microbiological studies show that there is a possibility of PMI estimation in reference to presence of typical bacteria and fungi on cadaver or in soil beneath. Microbiome after death (thanatomicrobiome) changes and depends on time since death, temperature, seasons and environment-if human remains are covered, buried, placed in ice or left on the surface. To enlarge current knowledge, some of studies are conducted on animal models with further comparison thanatomicrobiome of different animals-pig, rats-to human cadaver thanatomicrobiome. This study collects different branches of thanatomicrobiome studies as a review to summarize current knowledge.

1. Introduction. 2. Living host microbiome and mycobiome. 3. Diseases-related differences. 4. Thanatomicrobiome – human cadavers studies. 5. Fungi presence – thanatomycobiome. 6. Thanatomicrobiome of frozen cadavers. 7. Soil microbial communities changes. 8. Seasons related microbial changes. 9. Thanatomicrobiome and entomology correlation. 10. Conclusions

Słowa kluczowe

  • bacterial succession
  • forensic medicine
  • microbiome
  • necrobiome
  • thanatomicrobiome
Otwarty dostęp

Human Mycobiome In Normobiosis And Dysbiosis States Characteristics And Analysis Methods

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 31 - 46

Abstrakt

Streszczenie

Choroby grzybicze dotykają rocznie ponad 300 milionów ludzi na całym świecie, powodując ponad 1,6 miliona zgonów. Nawet przy tak wysokim współczynniku chorobowości infekcji grzybiczych, stosunkowo niewiele gatunków grzybów jest patogenami, a inwazyjne infekcje grzybicze u zdrowych osób są rzadkością. Analizy porównawcze mykobiomów ujawniają, że ludzki organizm kolonizowany jest przez odpowiednie grzyby wkrótce po urodzeniu, a ilościowy i jakościowy skład tej mykobioty zmienia się w trakcie życia. W ostatnich latach prowadzone są analizy korelacji między strukturą mykobiomu i stanem zdrowia, jak również w kontekście stanów chorobowych, na poziomie interakcji grzyb-mykobiom-gospodarz. Zależność pomiędzy zasiedlanym przez grzyby obszarem ludzkiego ciała tzw. lokalizacją anatomiczną, a swoistymi dla tego obszaru gatunkami grzybów, pozwala wnioskować o istnieniu silnej presji selekcyjnej wybiórczo promującej rozwój gatunków swoistych dla danej niszy ekologicznej w obrębie organizmu. Inną kwestię stanowi walidacja i standaryzacja metod analizy mykobiomów. W tym aspekcie szczególnym zainteresowaniem cieszą się obecnie metody sekwencjonowania metagenomicznego. W tej pracy została zaprezentowana aktualna wiedza na temat mykobiomu w stanach fizjologicznych i chorobowych mających źródło w dysbiozie ukształtowanego już mikrobiomu. Omówione zostały również metody i wyzwania diagnostyczne w ilościowej i jakościowej analizie mykobiomów.

1. Wprowadzenie. 2. Mykobiom w zdrowiu i chorobie. 2.1. Mykobiom płuc. 2.2. Mykobiom jelit. 2.3. Mykobiom skóry. 2.4. Mykobiom a zaburzenia neurologiczne. 2.5. Mykobiom środowiskowy. 3. Badania nad mykobiomem w praktyce klinicznej. 4. Analiza mykobiomów: metodologie i wyzwania. 4.1. Przetwarzanie próbki. 4.2. Sekwencjonowanie amplikonów. 4.3. Sekwencjonowanie metagenomiczne. 4.4. Wyzwania bioinformatyczne. 5. Podsumowanie

Słowa kluczowe

  • mykobiom
  • mikrobiom
  • dysbioza
  • grzyby
  • analizy metagenomiczne

Słowa kluczowe

  • mykobiom
  • mikrobiom
  • dysbioza
  • grzyby
  • analizy metagenomiczne
Otwarty dostęp

Mixed Oral Biofilm

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 47 - 58

Abstrakt

Streszczenie

Jama ustna jest skolonizowana przez ponad 700 gatunków bakterii. Występują one pod postacią pojedynczych komórek lub tworzą wielogatunkowe biofilmy. Tworzenie biofilmu, jego nieprawidłowy rozrost w połączeniu z zaburzonym funkcjonowaniem mechanizmów obronnych naszego organizmu oraz zaburzeń w składzie ilościowym i jakościowym mikrobioty jamy ustnej może prowadzić do rozwoju próchnicy, zapalenia dziąseł, parodontozy czy peri-implantitis. W pracy omówiono etapy tworzenia biofilmu oraz wzajemne oddziaływania mikroorganizmów w tej zorganizowanej społeczności. Omówiono również znaczenie wielogatunkowego biofilmu w zakażeniach jamy ustnej i co bardzo istotne, metody jego zwalczania.

1. Biofilm – definicja, etapy tworzenia, porozumiewanie się mikroorganizmów w biofilmie. 2. Biofilm w różnych częściach ciała organizmu człowieka. 3. Wielogatunkowy biofilm jamy ustnej. 4. Zakażenia jamy ustnej związane z biofilmem wielogatunkowym. 5. Zapobieganie i metody zwalczania biofilmu jamy ustnej. 5.1. Profilaktyka i właściwa higiena jamy ustnej. 5.2. Terapia alternatywna zakażeń jamy ustnej związanych z tworzeniem biofilmu. 6. Podsumowanie

Słowa kluczowe

  • biofilm
  • mikroorganizmy
  • płytka nazębna
  • zakażenia

Słowa kluczowe

  • biofilm
  • mikroorganizmy
  • płytka nazębna
  • zakażenia
Otwarty dostęp

“Food-Omics” Applications In The Food Metagenom Profiling

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 59 - 75

Abstrakt

Streszczenie

Nowoczesne badania w dziedzinie nauk o żywności i żywieniu przechodzą od klasycznych metodologii do zaawansowanych strategii molekularnych, w których kluczową rolę odgrywa technologia sekwencjonowania następnej generacji (NGS). Foodomika, która została niedawno zdefiniowana jest nowym, globalnym podejściem wykorzystującym zaawansowane technologie „omics” w analizach żywności. W ostatnich latach technologie „food-omics” są szeroko stosowane w mikrobiologii żywności w kierunku identyfikacji, kwantyfikacji i śledzenia mikrobiologicznych konsorcjów żywnościowych oraz oceny jakości i bezpieczeństwa żywności. Metagenomika, zwana genomiką populacji drobnoustrojów jest opartą na sekwencji niezależną od hodowli analizą zbiorowych genomów mikroorganizmów obecnych w danym środowisku. Ta szybko rozwijająca się technika dostarczyła nowych informacji na temat różnorodności taksonomicznej i dynamiki społeczności mikroorganizmów na poziomie rodzaju, gatunku a nawet szczepu. Zintegrowane podejście metagenomiczne okazało się potężnym narzędziem w profilowaniu ekologii mikrobiologicznej złożonych ekosystemów takich jak żywność fermentowana. Obecne kierunki badań koncentrują się na zrozumieniu i możliwości kontroli procesu fermentacji w celu zapewnienia stałych właściwości sensorycznych produktów, zwiększenia bezpieczeństwa i ograniczenia psucia się żywności. Celem niniejszego przeglądu jest przedstawienie najnowszych osiągnięć w zakresie wykorzystania technologii „food-omics” w analizach bioróżnorodności i funkcjonalności metagenomu produktów żywnościowych, bezpieczeństwa żywności i kontroli jakości oraz bieżących wyzwań i potencjalnych zastosowań.

1. Wstęp. 2. Metodologie i technologie w dziedzinie „food-omics”. 3. Zastosowanie technologii „food-omics” w analizach żywności. 3.1. Metagenomika jako narzędzie do monitorowania procesu fermentacji. 3.2. Monitorowanie warunków przechowywania żywności. 3.3. Monitorowanie bezpieczeństwa żywności. 4. Podsumowanie

Słowa kluczowe

  • bezpieczeństwo i jakość żywności
  • „food-omics”
  • metagenomika
  • sekwencjonowanie następnej generacji (NGS)

Słowa kluczowe

  • bezpieczeństwo i jakość żywności
  • „food-omics”
  • metagenomika
  • sekwencjonowanie następnej generacji (NGS)
Otwarty dostęp

Sandboxes As A Potential Source Of Dangerous Drug-Resistant Escherichia Coli And Staphylococcus Aureus Strains

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 77 - 89

Abstrakt

Streszczenie

Piaskownice obecne są prawie na każdym placu zabaw. Cieszą się niesłabnąca popularnością wśród najmłodszych. Zastanawiamy się czasem kto odpowiada za ich stan sanitarny albo czy zabawa w nich może być zagrożeniem dla dzieci? W niniejszym artykule poruszony zostanie temat monitorowania stanu sanitarnego piaskownic. Przedstawione zostanie również zagrożenie mikrobiologiczne jakie niesie za sobą kontakt ze skażonym piaskiem. Bateriami, które stanowią zagrożenie dla zdrowia i mogą zasiedlać piaskownice są m.in. Escherichia coli oraz Staphylococcus aureus. Oba te mikroorganizmy nie powinny występować w środowisku naturalnym. Ich obecność świadczy o skażeniu piasku, a kontakt z nim może być niebezpieczny dla zdrowia człowieka. Co więcej bakterie te coraz częściej wykazują oporność na antybiotyki stosowane rutynowo w leczeniu zakażeń. Problem oporności mikroorganizmów na terapeutyki jest bardzo istotny, gdyż liczba lekoopornych szczepów rośnie alarmująco. Pula skutecznych antybiotyków maleje, a nowych nie przybywa. W niniejszej pracy zostaną przedstawione antybiotyki, wykorzystywane podczas leczenia, są to aminoglikozydy, ansamycyny, antybiotyki β-laktamowe, chinolony, fusydany, grupa MLS, sulfonoamidy oraz tetracykliny. W pracy przedstawiono również informacje dotyczące poznanych dotychczas mechanizmów działania antybiotyków: W artykule przestawiono również mechanizmy oporności pałeczek Enterobacteriaceae; mechanizm ESBL (extended-spectrum β-lactamases), produkcja MBL (metallo-β-lactamase), CRE (carbapenem-resistant Enterobacteriaceae) oraz mechanizmy oporności Staphylococcus aureus na penicylinę, MRSA – methicillin-resistant S. aureus i wankomycynę VRSA – vancomycin-resistant S. aureus. Lekooporności stała się problemem o znaczeniu globalnym. Obecność szczepów lekoopornych niesie za sobą ryzyko rozprzestrzeniania się opornych na działanie antybiotyków szczepów mikroorganizmów w środowiskach naturalnych m.in. wodzie, powietrzu, glebie a także w piasku. Zakażenia powodowane przez takie drobnoustroje są bardzo trudne w leczeniu, gdyż maleje pula antybiotyków możliwych do zastosowania w czasie kuracji, a tym samym zmniejsza się skuteczność terapii.

1. Wstęp. 2. Monitorowanie stanu sanitarnego piaskownic. 3. Bakterie E. coli i S. aureus jako potencjalny czynnik zagrożenia dla zdrowia. 4. Charakterystyka antybiotyków. 4.1. Grupy antybiotyków. 4.2. Mechanizm działania antybiotyków. 5. Oporność bakterii na antybiotyki. 5.1. Oporność pałeczek Enterobacteriaceae. 5.2. Oporność S. aureus. 6. Oporność jako problem o znaczeniu globalnym. 7. Podsumowanie. 8. Bibliografia

Słowa kluczowe

  • lekooporność
  • piaskownice

Słowa kluczowe

  • lekooporność
  • piaskownice
Otwarty dostęp

Orthohantavirus Spp. – Review Of Genus

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 91 - 102

Abstrakt

Streszczenie

Orthohantawirusy i powodowane przez nie infekcje znane były już w średniowieczu jako tzw. „angielskie poty”. Istnieją dwa główne schorzenia wywoływane przez te wirusy – HPS (hantawirusowy zespół płucny) i HFRS (gorączka krwotoczna z zespołem nerkowym). Główny rezerwuar tych drobnoustrojów stanowią gryzonie, a człowiek zaraża się nimi najczęściej drogą wziewną, w wyniku kontaktu z wydzielinami i odchodami nosicieli. HPS charakteryzuje się nagłym początkiem, a do objawów zaliczają się przede wszystkim kaszel, gorączka i trudności z oddychaniem, a w skrajnych przypadkach – niewydolność oddechowa i wstrząs kardiogenny. HFRS rozpoczyna się nagle, a główna manifestacja obejmuje gorączkę, niewydolność nerek, krwotoki, krwiomocz i białkomocz, a także wstrząs. Na ten moment, terapia antyhantawirusowa o udowodnionej skuteczności nie istnieje. Kluczową rolę w leczeniu stanowią oszczędny tryb życia, kontrola gospodarki elektrolitowej, płynoterapia oraz zapobieganie niedociśnieniu, a w wymagających tego przypadkach – podanie tlenu. Odchylenia od wartości prawidłowych w analizach laboratoryjnych osób zainfekowanych tym patogenem zależą od zajętego przez proces chorobowy organu.

1. Historia 2. Systematyka rodzaju Orthohantavirus spp. 3. Morfologia 3.1. Genom 3.2. Budowa wirionu 4. Mechanizm infekcji 4.1. Droga zarażenia 4.2. Cykl życiowy 5. Chorobotwórczość 6. Leczenie 7. Diagnostyka 8. Profilaktyka – szczepionki 9. Podsumowanie

Słowa kluczowe

  • gorączka krwotoczna z zespołem nerkowym
  • hantawirusowy zespół płucny
  • HFRS
  • HPS
  • orthohantawirus

Słowa kluczowe

  • gorączka krwotoczna z zespołem nerkowym
  • hantawirusowy zespół płucny
  • HFRS
  • HPS
  • orthohantawirus
8 Artykułów
Otwarty dostęp

Selected Aspects Of The Crispr-Cas Biology And Applications

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 3 - 12

Abstrakt

Abstract

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated proteins are components of the adaptive immunity system, protecting against foreign DNA, which are present in many bacteria species. Recent years have brought extensive research on this system however, not all of its biological properties have been discovered so far. It was recently discovered that CRISPR-Cas can regulate the formation of biofilm and is closely associated with the DNA repair system in bacterial cells. It is also likely that some of the spacer sequences are complementary to short sequences in the bacterial genome, which may have an influence on regulation of bacterial genes, e.g. virulence factors. Besides, phages can synthesize anti-CRISPR genes, which could be of use in the future for the purpose of development of an alternative therapy against multi-drug resistant bacterial strains. Here we present an elementary characteristic of CRISPR-Cas system, including the structure and the brief mechanism of action, systematic classification and its importance for medicine and biotechnology issues. We would like to stress the huge potential of CRISPR-Cas by discussing the selected but varied aspects.

1. Introduction. 2. Structure, operation and differences. 3. Bacterial typing. 4. Correlation with bacterial pathogenicity. 5. Potential tool for medicine. 5.1. CRISPR-tool for genome editing. 5.2. Instances of CRISPR-tool strategies in medicine. 6. Phage response. 7. Conclusions

Słowa kluczowe

  • CRISPR
  • Cas
  • bacterial pathogenicity
  • anti-CRISPR proteins
  • genome editing
Otwarty dostęp

Novel Sars-Cov-2 Pandemic Transmission With Ongoing Antiviral Therapies And Vaccine Design

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 13 - 20

Abstrakt

Abstract

Starting from the end of 2019 the new SARs-CoV-2 virus, in the period of a few months, had spread to 210 countries and its territories. The Wuhan wild animal market, in Hubei province, China is considered the epicenter of this pandemic. WHO declared the name COVID-19 to designate the disease caused by the SARS-CoV-2 virus. It is the third coronavirus pandemic after SARS in 2002–2003 and MERS-CoV in 2012. Genome sequencing of this new COVID-19/SARS-CoV-2 virus shows slight genetic diversity when compared to other coronaviruses. Owing to its pathogenesis, and less known replication cycle, no universal antiviral treatment can be applied and vaccine preparation is still a larger challenge. The present article will highlight transmission, pandemic status, genetic diversity current antiviral therapy, and vaccine trials for COVID-19.

1. Introduction. 2. Pathogenesis of coronaviruses. 3. Genetic diversity. 4. Transmission. 5. Vaccination strategies against COVID-19. 6. In Process Vaccination strategies against COVID-19. 7. Lack of antiviral treatment and antiviral treatment studies. 8. Precautions. 9. Conclusions

Słowa kluczowe

  • SARs-CoV-2
  • WHO
  • viral genome
  • COVID-19
Otwarty dostęp

Thanatomicrobiome – State Of The Art And Future Directions

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 21 - 29

Abstrakt

Abstract

Microbiological studies show that there is a possibility of PMI estimation in reference to presence of typical bacteria and fungi on cadaver or in soil beneath. Microbiome after death (thanatomicrobiome) changes and depends on time since death, temperature, seasons and environment-if human remains are covered, buried, placed in ice or left on the surface. To enlarge current knowledge, some of studies are conducted on animal models with further comparison thanatomicrobiome of different animals-pig, rats-to human cadaver thanatomicrobiome. This study collects different branches of thanatomicrobiome studies as a review to summarize current knowledge.

1. Introduction. 2. Living host microbiome and mycobiome. 3. Diseases-related differences. 4. Thanatomicrobiome – human cadavers studies. 5. Fungi presence – thanatomycobiome. 6. Thanatomicrobiome of frozen cadavers. 7. Soil microbial communities changes. 8. Seasons related microbial changes. 9. Thanatomicrobiome and entomology correlation. 10. Conclusions

Słowa kluczowe

  • bacterial succession
  • forensic medicine
  • microbiome
  • necrobiome
  • thanatomicrobiome
Otwarty dostęp

Human Mycobiome In Normobiosis And Dysbiosis States Characteristics And Analysis Methods

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 31 - 46

Abstrakt

Streszczenie

Choroby grzybicze dotykają rocznie ponad 300 milionów ludzi na całym świecie, powodując ponad 1,6 miliona zgonów. Nawet przy tak wysokim współczynniku chorobowości infekcji grzybiczych, stosunkowo niewiele gatunków grzybów jest patogenami, a inwazyjne infekcje grzybicze u zdrowych osób są rzadkością. Analizy porównawcze mykobiomów ujawniają, że ludzki organizm kolonizowany jest przez odpowiednie grzyby wkrótce po urodzeniu, a ilościowy i jakościowy skład tej mykobioty zmienia się w trakcie życia. W ostatnich latach prowadzone są analizy korelacji między strukturą mykobiomu i stanem zdrowia, jak również w kontekście stanów chorobowych, na poziomie interakcji grzyb-mykobiom-gospodarz. Zależność pomiędzy zasiedlanym przez grzyby obszarem ludzkiego ciała tzw. lokalizacją anatomiczną, a swoistymi dla tego obszaru gatunkami grzybów, pozwala wnioskować o istnieniu silnej presji selekcyjnej wybiórczo promującej rozwój gatunków swoistych dla danej niszy ekologicznej w obrębie organizmu. Inną kwestię stanowi walidacja i standaryzacja metod analizy mykobiomów. W tym aspekcie szczególnym zainteresowaniem cieszą się obecnie metody sekwencjonowania metagenomicznego. W tej pracy została zaprezentowana aktualna wiedza na temat mykobiomu w stanach fizjologicznych i chorobowych mających źródło w dysbiozie ukształtowanego już mikrobiomu. Omówione zostały również metody i wyzwania diagnostyczne w ilościowej i jakościowej analizie mykobiomów.

1. Wprowadzenie. 2. Mykobiom w zdrowiu i chorobie. 2.1. Mykobiom płuc. 2.2. Mykobiom jelit. 2.3. Mykobiom skóry. 2.4. Mykobiom a zaburzenia neurologiczne. 2.5. Mykobiom środowiskowy. 3. Badania nad mykobiomem w praktyce klinicznej. 4. Analiza mykobiomów: metodologie i wyzwania. 4.1. Przetwarzanie próbki. 4.2. Sekwencjonowanie amplikonów. 4.3. Sekwencjonowanie metagenomiczne. 4.4. Wyzwania bioinformatyczne. 5. Podsumowanie

Słowa kluczowe

  • mykobiom
  • mikrobiom
  • dysbioza
  • grzyby
  • analizy metagenomiczne

Słowa kluczowe

  • mykobiom
  • mikrobiom
  • dysbioza
  • grzyby
  • analizy metagenomiczne
Otwarty dostęp

Mixed Oral Biofilm

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 47 - 58

Abstrakt

Streszczenie

Jama ustna jest skolonizowana przez ponad 700 gatunków bakterii. Występują one pod postacią pojedynczych komórek lub tworzą wielogatunkowe biofilmy. Tworzenie biofilmu, jego nieprawidłowy rozrost w połączeniu z zaburzonym funkcjonowaniem mechanizmów obronnych naszego organizmu oraz zaburzeń w składzie ilościowym i jakościowym mikrobioty jamy ustnej może prowadzić do rozwoju próchnicy, zapalenia dziąseł, parodontozy czy peri-implantitis. W pracy omówiono etapy tworzenia biofilmu oraz wzajemne oddziaływania mikroorganizmów w tej zorganizowanej społeczności. Omówiono również znaczenie wielogatunkowego biofilmu w zakażeniach jamy ustnej i co bardzo istotne, metody jego zwalczania.

1. Biofilm – definicja, etapy tworzenia, porozumiewanie się mikroorganizmów w biofilmie. 2. Biofilm w różnych częściach ciała organizmu człowieka. 3. Wielogatunkowy biofilm jamy ustnej. 4. Zakażenia jamy ustnej związane z biofilmem wielogatunkowym. 5. Zapobieganie i metody zwalczania biofilmu jamy ustnej. 5.1. Profilaktyka i właściwa higiena jamy ustnej. 5.2. Terapia alternatywna zakażeń jamy ustnej związanych z tworzeniem biofilmu. 6. Podsumowanie

Słowa kluczowe

  • biofilm
  • mikroorganizmy
  • płytka nazębna
  • zakażenia

Słowa kluczowe

  • biofilm
  • mikroorganizmy
  • płytka nazębna
  • zakażenia
Otwarty dostęp

“Food-Omics” Applications In The Food Metagenom Profiling

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 59 - 75

Abstrakt

Streszczenie

Nowoczesne badania w dziedzinie nauk o żywności i żywieniu przechodzą od klasycznych metodologii do zaawansowanych strategii molekularnych, w których kluczową rolę odgrywa technologia sekwencjonowania następnej generacji (NGS). Foodomika, która została niedawno zdefiniowana jest nowym, globalnym podejściem wykorzystującym zaawansowane technologie „omics” w analizach żywności. W ostatnich latach technologie „food-omics” są szeroko stosowane w mikrobiologii żywności w kierunku identyfikacji, kwantyfikacji i śledzenia mikrobiologicznych konsorcjów żywnościowych oraz oceny jakości i bezpieczeństwa żywności. Metagenomika, zwana genomiką populacji drobnoustrojów jest opartą na sekwencji niezależną od hodowli analizą zbiorowych genomów mikroorganizmów obecnych w danym środowisku. Ta szybko rozwijająca się technika dostarczyła nowych informacji na temat różnorodności taksonomicznej i dynamiki społeczności mikroorganizmów na poziomie rodzaju, gatunku a nawet szczepu. Zintegrowane podejście metagenomiczne okazało się potężnym narzędziem w profilowaniu ekologii mikrobiologicznej złożonych ekosystemów takich jak żywność fermentowana. Obecne kierunki badań koncentrują się na zrozumieniu i możliwości kontroli procesu fermentacji w celu zapewnienia stałych właściwości sensorycznych produktów, zwiększenia bezpieczeństwa i ograniczenia psucia się żywności. Celem niniejszego przeglądu jest przedstawienie najnowszych osiągnięć w zakresie wykorzystania technologii „food-omics” w analizach bioróżnorodności i funkcjonalności metagenomu produktów żywnościowych, bezpieczeństwa żywności i kontroli jakości oraz bieżących wyzwań i potencjalnych zastosowań.

1. Wstęp. 2. Metodologie i technologie w dziedzinie „food-omics”. 3. Zastosowanie technologii „food-omics” w analizach żywności. 3.1. Metagenomika jako narzędzie do monitorowania procesu fermentacji. 3.2. Monitorowanie warunków przechowywania żywności. 3.3. Monitorowanie bezpieczeństwa żywności. 4. Podsumowanie

Słowa kluczowe

  • bezpieczeństwo i jakość żywności
  • „food-omics”
  • metagenomika
  • sekwencjonowanie następnej generacji (NGS)

Słowa kluczowe

  • bezpieczeństwo i jakość żywności
  • „food-omics”
  • metagenomika
  • sekwencjonowanie następnej generacji (NGS)
Otwarty dostęp

Sandboxes As A Potential Source Of Dangerous Drug-Resistant Escherichia Coli And Staphylococcus Aureus Strains

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 77 - 89

Abstrakt

Streszczenie

Piaskownice obecne są prawie na każdym placu zabaw. Cieszą się niesłabnąca popularnością wśród najmłodszych. Zastanawiamy się czasem kto odpowiada za ich stan sanitarny albo czy zabawa w nich może być zagrożeniem dla dzieci? W niniejszym artykule poruszony zostanie temat monitorowania stanu sanitarnego piaskownic. Przedstawione zostanie również zagrożenie mikrobiologiczne jakie niesie za sobą kontakt ze skażonym piaskiem. Bateriami, które stanowią zagrożenie dla zdrowia i mogą zasiedlać piaskownice są m.in. Escherichia coli oraz Staphylococcus aureus. Oba te mikroorganizmy nie powinny występować w środowisku naturalnym. Ich obecność świadczy o skażeniu piasku, a kontakt z nim może być niebezpieczny dla zdrowia człowieka. Co więcej bakterie te coraz częściej wykazują oporność na antybiotyki stosowane rutynowo w leczeniu zakażeń. Problem oporności mikroorganizmów na terapeutyki jest bardzo istotny, gdyż liczba lekoopornych szczepów rośnie alarmująco. Pula skutecznych antybiotyków maleje, a nowych nie przybywa. W niniejszej pracy zostaną przedstawione antybiotyki, wykorzystywane podczas leczenia, są to aminoglikozydy, ansamycyny, antybiotyki β-laktamowe, chinolony, fusydany, grupa MLS, sulfonoamidy oraz tetracykliny. W pracy przedstawiono również informacje dotyczące poznanych dotychczas mechanizmów działania antybiotyków: W artykule przestawiono również mechanizmy oporności pałeczek Enterobacteriaceae; mechanizm ESBL (extended-spectrum β-lactamases), produkcja MBL (metallo-β-lactamase), CRE (carbapenem-resistant Enterobacteriaceae) oraz mechanizmy oporności Staphylococcus aureus na penicylinę, MRSA – methicillin-resistant S. aureus i wankomycynę VRSA – vancomycin-resistant S. aureus. Lekooporności stała się problemem o znaczeniu globalnym. Obecność szczepów lekoopornych niesie za sobą ryzyko rozprzestrzeniania się opornych na działanie antybiotyków szczepów mikroorganizmów w środowiskach naturalnych m.in. wodzie, powietrzu, glebie a także w piasku. Zakażenia powodowane przez takie drobnoustroje są bardzo trudne w leczeniu, gdyż maleje pula antybiotyków możliwych do zastosowania w czasie kuracji, a tym samym zmniejsza się skuteczność terapii.

1. Wstęp. 2. Monitorowanie stanu sanitarnego piaskownic. 3. Bakterie E. coli i S. aureus jako potencjalny czynnik zagrożenia dla zdrowia. 4. Charakterystyka antybiotyków. 4.1. Grupy antybiotyków. 4.2. Mechanizm działania antybiotyków. 5. Oporność bakterii na antybiotyki. 5.1. Oporność pałeczek Enterobacteriaceae. 5.2. Oporność S. aureus. 6. Oporność jako problem o znaczeniu globalnym. 7. Podsumowanie. 8. Bibliografia

Słowa kluczowe

  • lekooporność
  • piaskownice

Słowa kluczowe

  • lekooporność
  • piaskownice
Otwarty dostęp

Orthohantavirus Spp. – Review Of Genus

Data publikacji: 24 Mar 2021
Zakres stron: 91 - 102

Abstrakt

Streszczenie

Orthohantawirusy i powodowane przez nie infekcje znane były już w średniowieczu jako tzw. „angielskie poty”. Istnieją dwa główne schorzenia wywoływane przez te wirusy – HPS (hantawirusowy zespół płucny) i HFRS (gorączka krwotoczna z zespołem nerkowym). Główny rezerwuar tych drobnoustrojów stanowią gryzonie, a człowiek zaraża się nimi najczęściej drogą wziewną, w wyniku kontaktu z wydzielinami i odchodami nosicieli. HPS charakteryzuje się nagłym początkiem, a do objawów zaliczają się przede wszystkim kaszel, gorączka i trudności z oddychaniem, a w skrajnych przypadkach – niewydolność oddechowa i wstrząs kardiogenny. HFRS rozpoczyna się nagle, a główna manifestacja obejmuje gorączkę, niewydolność nerek, krwotoki, krwiomocz i białkomocz, a także wstrząs. Na ten moment, terapia antyhantawirusowa o udowodnionej skuteczności nie istnieje. Kluczową rolę w leczeniu stanowią oszczędny tryb życia, kontrola gospodarki elektrolitowej, płynoterapia oraz zapobieganie niedociśnieniu, a w wymagających tego przypadkach – podanie tlenu. Odchylenia od wartości prawidłowych w analizach laboratoryjnych osób zainfekowanych tym patogenem zależą od zajętego przez proces chorobowy organu.

1. Historia 2. Systematyka rodzaju Orthohantavirus spp. 3. Morfologia 3.1. Genom 3.2. Budowa wirionu 4. Mechanizm infekcji 4.1. Droga zarażenia 4.2. Cykl życiowy 5. Chorobotwórczość 6. Leczenie 7. Diagnostyka 8. Profilaktyka – szczepionki 9. Podsumowanie

Słowa kluczowe

  • gorączka krwotoczna z zespołem nerkowym
  • hantawirusowy zespół płucny
  • HFRS
  • HPS
  • orthohantawirus

Słowa kluczowe

  • gorączka krwotoczna z zespołem nerkowym
  • hantawirusowy zespół płucny
  • HFRS
  • HPS
  • orthohantawirus

Zaplanuj zdalną konferencję ze Sciendo