Volumen 57 (2018): Heft 2 (January 2018)

Pojawieniesięnaprzełomie XX i XXI wiekuwielunowych i powracających chorób uświadomiło ludziomnacałym świecie poważne zagrożenia z ichstronydlazdrowiapublicznego. Wspomnianechoroby w większości wywoływane sąprzezwirusyrezerwuaruzwierząt wolnożyjących, zdolnych do przełamywania barierygatunkowej. Zmieniający sięobrazchorób w skaliglobalnejrodzipotrzebęimprzeciwdziałania w oparciu o strategięuwzgledniającąporozumienie i współdziałanie wieluspecjalistów z zakresuochronyzdrowialudzi i zwierząt orazochronyśrodowiska. Powyższa idea znana jest naświecie jako‘One Health’ (jednozdrowie) i sięga w swoichzałożeniach do czasów starożytnych do narodzinmedycynytraktowanejjakojedna, tzn. o identycznympodejściu do chorób u ludzi i zwierząt. Utworzenie w drugiejpołowy XVIII wieku, pierwszych w EuropieSzkółweterynaryjnych, traktowane było jakozerwanie z pełnej ignorancji i brutalności traktowaniemzwierząt i zapewnieniemimopiekimedycznej, opartejnaspecjalistycznejwiedzy, przezlekarzyweterynarii. Koniec XIX wiekuobfituje w odkryciawieluczynnikówetiologicznychchorób u ludzi i zwierząt i jest równieżokresemnarodzinbakteriologiiweterynaryjnej. W ciągu XX i początku XXI wieku idea jednegozdrowiaulegaposzerzeniu o wątki nawiązujące do wpływu szerokorozumianegośrodowiska i zwierząt wolnożyjących napowstawanienowychchorób. Opisanasytuacjaspowodowała, że idea jednegozdrowiazyskała naznaczeniu, jak równieżujawniła zapotrzebowanienaspecjalistów nowejgeneracji, w tymmikrobiologów znających nietylkotechnikidiagnostyczne, ale równieżrozumiejących patogenezępojawiających sięchorób i przygotowanych do opracowywaniastrategiiichkontroli.

1. Wstęp. 2. Jednamedycynaodstarożytności do XVIII w. 3. Wyodrębnianiesięmedycynyweterynaryjnej. 4. Mikrobiologia w medycynieweterynaryjnej. 5. Idea jednegozdrowia w medycynie XX-wiecznej. 6. Podsumowanie

Niebezpieczeństwo wynikające z obecności pałeczek z rodzaju Listeria, zwłaszcza Listeria monocytogenes w środowisku i pro- duktach spożywczych, każdego roku przyczynia się do zejśćśmiertelnych, zarówno wśród ludzi jak i zwierząt. Zdolność bakterii do egzystencji saprofitycznej oraz pasożytniczej, a także niewrażliwość na wiele czynników fizykochemicznych, znacząco ułatwia rozprzestrzenianie i gwarantuje dostęp do szerokiej grupy osobników podatnych na infekcję. Pomimo tego, że czynniki predysponujące do rozwoju zakażenia pociągają za sobąstosunkowo niską częstość jego wystąpienia, to charakteryzuje je wysoka śmiertelność i znaczny stopień hospitalizacji. Choroba objawia się najczęściej w postaci bakteriemii, zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu, a także zakażeń okołoporodowych. Sposób rozprzestrzeniania bakterii w organizmie sprawia, że wciąż identyfikowane są nowe typy zachorowań. Najnowsze badania dotyczące nabywania cech chorobotwórczości, wysokości dawki, czy rozwoju antybiotykooporności, a także liczne raporty dotyczące częstości występowania tych bakterii i powodowanych przez nie lokalnych epidemii, doprowadziły do zwiększenia częstości kontroli w tym zakresie i zmiany kwalifikacji choroby. Obecnie listeriozę postrzega się jako współczesne zagrożenie dla życia i zdrowia.

1. Wprowadzenie. 2. Rodzaj Listeria. Charakterystyka i cechy warunkujące chorobotwórczość. 3. Listerioza. Drogi rozprzestrzeniania. 4. Początek i przebieg zakażenia. 5. Kliniczne formy listeriozy. 5.1. Bakteriemia. 5.2. Infekcje ośrodkowego układu nerwowego. 5.3. Zakażenia okołoporodowe. 5.4. Zapalenie żołądka i jelit. 5.5. Spontaniczne bakteryjne zapalenie otrzewnej (SBP). 5.6. Zapalenie wsierdzia. 5.7. Zapalenie oraz ropień wątroby. 5.8. Infekcje skóry i oczu. 5.9. Infekcje mięśniowo szkieletowe. 6. Monitoring. 7. Normalizacja. 8. Podsumowanie

Rodzaj Alicyclobacillus obejmuje Gram-dodatnie, Gram-ujemne i Gram-zmienne, acydotermofilne bakterie przetrwalniku- jące, izolowane z różnych środowisk, głównie z gleb kwasowych i geotermalnych, gorących źródeł, powierzchni owoców i zepsutych soków owocowych. Bakterie należące do rodzaju Alicyclobacillus charakteryzuje obecnośćω-alicyklicznych kwasów tłuszczowych (ω-cykloheksylowych i ω-cykloheptylowych), izo- i anteizo-rozgałęzionych kwasów tłuszczowych oraz hopanoidów zlokalizowanych w błonach plazmatycznych. Dotychczas zidentyfikowano 23 gatunki oraz dwa podgatunki, wśród których najbardziej rozpowszechniony jest Alicyclobacillus acidoterrestris. Niektóre gatunki stanowią zanieczyszczenia mikrobiologiczne żywności w przemyśle owocowo- warzywnym. Spory Alicyclobacillus sp. przeżywają temperatury pasteryzacji i są odporne na niskie pH. Spory bakterii ulegają aktywacji w podwyższonej temperaturze, co może prowadzić do namnażania się w sokach i w następstwie prowadzić do ich psucia. Rodzina Alicyclobacillaceae jest ciągle modyfikowana, a w rodzaju Alicyclobacillus przybywają nowe gatunki. Bakterie A. acidoterrestris, ze względu na szybką adaptację do zmieniających się warunków środowiska, uznano za mikroorganizmy o szybkim tempie ewolucji.

1. Wprowadzenie. 2. Wydzielenie taksonu Alicyclobacillus i pozycja systematyczna. 3. Charakterystyczne składniki błon komórkowych i ich funkcje. 4. Charakterystyka morfologiczna i fizjologiczna. 5. Wykrywanie bakterii z rodzaju Alicyclobacillus. 6. Podsumowanie

Ortomyksowirusy to rodzina wirusów, której najbardziej znanymi przedstawicielami są wirusy grypy (typu A, B, C, D), stanowiące istotny problem kliniczny. Grypa, choroba dotycząca zwierząt oraz ludzi rozprzestrzenia się droga kropelkową. Manifestuje się objawami takimi jak kaszel, kichanie, ból mięśni czy gorączka. Często daje też powikłania, do których zalicza się m in zapalenie płuc i zapalenie mięśnia sercowego. W przeszłości wirusy grypy były odpowiedzialne za powstanie pandemii, spośród których najbardziej znaną jest pandemia hiszpanki. Miała miejsce w latach 1918–1919 i uważa się, że spowodowała zgon nawet do 100 mln osób. Zaliczyć do tej rodziny możemy także rodzaj Isavirus, odpowiedzialny za anemię ryb, Quaranjavirus oraz Thogotovirus, wśród których są także gatunki chorobotwórcze dla człowieka. Występują one zdecydowanie rzadziej niż wirusy grypy i są również mniej poznane. Cały czas odkrywa się nowe gatunki. Przykładowo zakażenie u człowieka wirusem Bourbon zostało stwierdzone tylko jeden raz, w 2014 roku.

1. Wstęp. 2. Charakterystyka. 3. Replikacja na przykładzie wirusa grypy typu A. 4. Historia. 5. Metody diagnostyczne. 6. Chorobotwórczość. 6.1. Grypa – wirusy Influenza. 6.2. Thogotovirus 6.3. Isavirus. 6.4. Quaranjavirus. 7. Leczenie. 8. Podsumowanie

Ludzki herpeswirus typu 4 (HHV-4), znany także jako wirus Epsteina-Barr (EBV) oraz ludzki herpeswirus typu 8 należą do podrodziny Gammaherpesvirinae. Oba wirusy mają zdolność ustanawiania latencji w limfocytach B. Zakażenia przez nie wywoływane mają najczęściej łagodny przebieg i samoograniczający charakter, jednak u osób z upośledzeniem odporności mogąwywoływać schorzenia o ciężkim przebiegu. Niedobory odporności mogą prowadzić do zmian nowotworowych związanych z zakażeniami powodowanymi przez gammaherpeswirusy. Dotyczy to zarówno osób poddanych immunosupresji w związku z zabiegami przeszczepienia, jak i osób zakażonych wirusem upośledzenia odporności, u których występuje współzakażenie EBV lub HHV-8. Wirus Epsteina-Barr związany jest także z groźnymi zakażeniami u ludzi obarczonych pewnymi wrodzonymi zespołami niedoborów odporności. W prezentowanym artykule zamieszczono informacje na temat epidemiologii, patogenezy, objawów klinicznych oraz leczenia zakażeń EBV i HHV-8 u osób z upośledzeniem odporności.

1. Wstęp. 2. Zakażenia gammaherpeswirusami u osób z HIV/AIDS. 2.1. Chłoniak Burkitta. 2.2. Inne chłoniaki związane z EBV. 2.3. Mięsak Kaposiego. 2.4. Wieloogniskowa choroba Castlemana. 2.5. Pierwotny chłoniak wysiękowy jam surowiczych. 3. Zakażenia gammaherpeswirusami u osób poddanych immunosupresji. 3.1. Poprzeszczepowa choroba limfoproliferacyjna. 3.2. Limfohistiocytoza hemofagocytarna. 3.3. Chłoniak Hodgkina, 3.4. Zakażenia KSHV. 4. Zakażenia gammaherpeswirusami we wrodzonych zespołach niedoborów odporności. 5. Podsumowanie

Zakażenia rotawirusami (RV) są istotnym problemem epidemiologicznym zarówno u ludzi jak i u wielu gatunków zwierząt gospodarskich. Dotychczas zidentyfikowano szereg szczepów RV człowieka i zwierząt, które na podstawie właściwości antygenowych białka VP6 kapsydu zaklasyfikowano do 8 serogrup (A-H). Za najważniejszą epidemiologicznie grupę serologiczną uważa się rotawirusy grupy A (RVA) wykrywane w ponad 90% przypadków biegunek rotawirusowych. Segmentowa budowa genomu RVA oraz obecność zwierząt w bliskim otoczeniu człowieka sprzyja reasortacji pomiędzy szczepami wirusa pochodzącymi od różnych gospodarzy, prowadzącej do pojawienia się szczepów zoonotycznych. Narastająca liczba przypadków zakażeń człowieka wywołana przez RVA o genotypach, które dotychczas wyłącznie stwierdzano u zwierząt wskazuje na potrzebę prowadzenia nadzoru epidemiologicznego w ogniskach zachorowań ludzi połączonego z identyfikacją epidemicznych szczepów wirusa. Określenie genotypów RVA krążących u ludzi i zwierząt umożliwi ocenę wpływu szczepień na zmienność i selekcję szczepów wirusa, a także na pojawianie się szczepów zoonotycznych.

1. Wstęp. 2. Ogólna charakterystyka i klasyfikacja rotawirusów. 3. Zakażenia rotawirusami grupy A u ludzi. 4. Zakażenia rotawirusami grupy A u zwierząt. 5. Zmienność i reasortacja rotawirusów jako procesy warunkujące powstawanie szczepów zoonotycznych. 6. Wpływ szczepień człowieka na zmienność profilu genotypowego krążących szczepów rotawirusa. 7. Podsumowanie

Znajomość zależności między etiologią zakażenia, a aktywnością układu odpornościowego u pacjentów z cukrzycą może mieć kluczowe znaczenie dla diagnostyki klinicznej. Dynamika kolonizacji przedsionka nosa przez Staphylococcus aureus oraz zalecenia dotyczące gronkowcowych zakażeń, będą odmienne dla różnych populacji. Charakterystyka kolonizacji przedsionka nosa może obejmować cechy molekularne i czynniki epidemiologiczne. Naukowcy donoszą, że identyfikacja nosicielstwa, szczepami S. aureus opornymi na metycylinę (MRSA) o podobnych cechach genotypowych, pozwala ocenić zdolność rozpowszechniania się drobnoustroju oraz ryzyko zakażenia pacjentów z cukrzycą. Znajomość tych właściwości umożliwia wprowadzenie działań zapobiegających zakażeniom wywołanym przez S. aureus. Bakteria ta jest czynnikiem etiologicznym wielu ciężkich chorób zarówno u osób z upośledzoną odpornością, jak i u zdrowej populacji. Nadwaga i otyłość stanowią czynnik ryzyka wystąpienia cukrzycy typu 2 (DM2). Natomiast nosicielstwo S. aureusmoże przyczynić się do rozwoju infekcji. Istotne dla patogenności czynniki zjadliwości S. aureus, to superantygeny (SAgs). Zaliczamy do nich toksyny zespołu wstrząsu toksycznego (TSST-1), których długotrwałym efektem działania może być nietolerancja glukozy. Wspomniane toksyny indukują również ogólnoustrojowe zapalenie, w wyniku zwiększonego stężenia egzotoksyn we krwi, a zatem mogą być czynnikiem, który indukuje hiperglikemię. Przewlekła ekspozycja na superantygeny gronkowcowe może prowadzić do rozwoju cukrzycy, co sugeruje potrzebę prowadzenia terapii ukierunkowanej na superantygeny S. aureus.

1. Wstęp. 2. Czynniki ryzyka wystąpienia zakażenia u pacjentów z cukrzycą. 2.1. Niedobór odporności. 2.2. Otyłość 2.3. Nosicielstwo gronkowcowe. 3. Zakażenia gronkowcowe u pacjentów z cukrzycą. 3.1. Superantygeny gronkowcowe. 3.2. Infekcje skóry i tkanek miękkich. 3.3. Zespół stopy cukrzycowej. 3.4. Sepsa. 3.5. Infekcyjne zapalenie wsierdzia. 3.6. Ostre ropne zapalenie opon mózgowych. 4. Szczepienia. 5. Wnioski

Typowanie molekularne służy do identyfikacji charakterystycznych celów genetycznych oraz określania podobieństwa genetycznego. W celu ustalenia podobieństwa bakterii, stosowane są zarówno klasyczne metody fenotypowe, jak i nowocześniejsze metody oparte na biologii molekularnej. Rozwój genetyki, a szczególnie wynalezienie nowszych technik, jakimi są metody oparte na technikach biologii molekularnej zrewolucjonizowało badania biologiczne, w tym badania mikroorganizmów. Po roku 1970, rozwój metod opartych na analizie sekwencji kwasu nukleinowego zapoczątkował erę mikrobiologii molekularnej, udostępniając tym samym nowoczesne narzędzia do identyfikacji źródeł zakażenia. Sekwencjonowanie pełnego genomu i inne techniki typowania o dużej przepustowości stają się coraz bardziej popularne, a dzięki wysokiej rozdzielczości, są idealnym narzędziem do analiz porównawczych bakterii. W poniższej pracy omówione zostały techniki najczęściej stosowane w typowaniu bakterii oraz te, które są dopiero w fazie tworzenia, a w przyszłości mogą stanowić główne narzędzie w typowaniu molekularnym bakterii.

1. Wprowadzenie. 1.1. Metody typowania. 2. Fenotypowe metody typowania. 3. Genetyczne metody typowania. 3.1. REA-PFGE. 3.2. MLVA. 3.3. MLST. 4. Techniki sekwencjonowania I generacji. 4.1. Metoda Sangera. 4.2. Metoda Maxama-Gilberta. 5. Sekwencjonowanie pełnogenomowe. 5.1. Sekwencjonowanie II generacji. 5.2. Sekwencjonowanie III generacji. 6. Typowanie molekularne z zastosowaniem sekwencjonowania pełnogenomowego. 6.1. K-mer. 6.2. SNP. 6.3. wgMLST 7. Trudności analiz. 7.1. Proces przetwarzania danych. 7.2. Przechowywanie i udostępnianie danych. 7.3. Nomenklatura. 8. Potencjalne kierunki rozwoju. WGS 9. Podsumowanie

Mikrobiom glebowy składa się z wysoce zróżnicowanych pod względem strukturalnym oraz funkcjonalnym grup mikroorga- nizmów. Stanowi on obiekt licznych badań od wielu lat, jednakże wciąż pozostaje nie do końca poznany. Wiadome jest, że mikroorganizmy glebowe odgrywają główną rolę w procesach biogeochemicznych. Znajomość ich różnorodności strukturalnej i funkcjonalnej pozwala zatem na ocenę stanu środowiska glebowego, co jest niezwykle istotne dla agronomii oraz ekologii. Działalność rolnicza oraz przemysłowa człowieka powoduje zmiany w aktywności gleby, które należy monitorować. W badaniach nad aktywnością i różnorodnością mikrobiologiczną gleby można wyróżnić wiele metod badawczych opracowywanych i udoskonalanych przez naukowców z całego świata. Metody biochemiczne stosowane w celu analizy aktywności mikrobiologicznej polegają na określeniu zdolności mikroorganizmów do syntezy, asymilacji bądź rozkładu określonych związków chemicznych, a także na analizie komponentów komórek drobnoustrojów. Omówiono w niniejszej pracy metody badawcze, które umożliwiają analizę zarówno funkcjonalności mikroorganizmów, jak i ich strukturalnego zróżnicowania.

1. Wprowadzenie. 2. Oznaczenia aktywności enzymatycznej. 3. Technika CLPP. 4. Analiza profili kwasów tłuszczowych. 5. Analiza profili białkowych. 6. Podsumowanie