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Detection of Endophyts in Bleeding Sap of Vine by Next Generation Sequencing

Karin Mandl
Karin Mandl
, 
Jasmina Suljic
Jasmina Suljic
, 
Christian Bader
Christian Bader
, 
Ingrid Hofstetter
Ingrid Hofstetter
 and 
Florian Faber
Florian Faber
   | Mar 09, 2023
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Published Online: Mar 09, 2023
Page range: 123 - 133
Received: Aug 12, 2022
Accepted: Oct 09, 2022
DOI: https://doi.org/10.2478/boku-2022-0009
Keywords
© 2022 Karin Mandl et al., published by Sciendo
This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 3.0 License.

Abbildung 1

Verwendete 0,5-l-PET-Flasche für die Gewinnung des Blutungssaftes.Figure 1. 0.5 l PET bottle used for obtaining the bleeding sap.
Verwendete 0,5-l-PET-Flasche für die Gewinnung des Blutungssaftes.Figure 1. 0.5 l PET bottle used for obtaining the bleeding sap.

Abbildung 2

Grafische Darstellung der Gattungen in OTUs (Operational Taxonomic Units). (n. b. = nicht näher bestimmbar).Figure 2. Graphic representation of genera in OTUs (Operational Taxonomic Units). (n. b. = not in detail determinable).
Grafische Darstellung der Gattungen in OTUs (Operational Taxonomic Units). (n. b. = nicht näher bestimmbar).Figure 2. Graphic representation of genera in OTUs (Operational Taxonomic Units). (n. b. = not in detail determinable).

Abbildung 3

Die logarithmische Darstellung der Beziehung zwischen der Gattung Pseudomonas (a, b) und Aureobasidium (c) zeigt, dass signifikante Unterschiede (a, b) bei den OTUs von der Gattung Pseudomonas beim Vorhandensein von Areobasidium pullulans (c) auftreten.Figure 3. Logarithmic plot of the relationship between the genus Pseudomonas (a, b) and Aureobasidium (c) shows that significant differences (a, b) in the OTUs from the genus Pseudomonas occur in the presence of Areobasidium pullulans (c).
Die logarithmische Darstellung der Beziehung zwischen der Gattung Pseudomonas (a, b) und Aureobasidium (c) zeigt, dass signifikante Unterschiede (a, b) bei den OTUs von der Gattung Pseudomonas beim Vorhandensein von Areobasidium pullulans (c) auftreten.Figure 3. Logarithmic plot of the relationship between the genus Pseudomonas (a, b) and Aureobasidium (c) shows that significant differences (a, b) in the OTUs from the genus Pseudomonas occur in the presence of Areobasidium pullulans (c).

Metrische Darstellung der OTU (Operational Taxonomic Units) Ergebnisse in Gattungen dargestellt (n. b. = nicht bestimmbar)Table 3. Metric representation of the OTU (Operational Taxonomic Units) results presented in genera (n. b. = not determinable)

Rebstöcke 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 Betroffene Rebstöcke Prozent
Bakterien (n. b.) 0 556 66 77 66 38 0 0 138 0 0 0 0 0 0 2313 7 44
Jatrophihabitans 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6
Curtobacterium 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6
Bacillus 96 2507 37 0 64 0 0 0 18 0 0 0 0 37 64 338 8 50
Paenibacillus 0 0 52 0 398 0 0 0 444 0 0 96 0 199 587 0 6 38
Enterococcus 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1111 1 6
Weissella 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 572 1 6
Alphaproteobacteria (n. b.) 0 41 0 0 105 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 13
Rhizobiales** 0 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6
Beijerinckia 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6
Bradyrhizobium 0 126 0 0 184 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 13
Hyphomicrobium 0 68 0 0 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 13
Mesorhizobium 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6
Sphingomonas 0 0 76 68 0 213 0 0 0 0 0 0 0 248 226 26025 6 38
Ideonella 0 1493 1603 1354 84 0 0 0 125 0 0 0 0 65 111 464 8 50
Methylibium 246 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 13
Hydrogenophaga 422 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6
Oxalobacteraceae (n. b.) 1003 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 120 188 54 4 25
Duganella 986 0 0 0 0 0 0 0 604 0 0 0 0 761 1032 0 4 25
Janthinobacterium 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 126 0 3 19
Massilia 3622 441 6873 8636 0 213 0 0 2188 1265 4263 16877 0 14550 19668 506 14 88
Zoogloea 1017 235 104 117 0 0 0 0 82 161 95 0 0 273 396 44 10 63
Gammaproteobacteria (n. b.) 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 588 2440 0 0 0 0 2 13
Enterobacterales (n. b.) 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 409 1 6
Pantoea 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6963 1 6
Acinetobacter 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6
Pseudomonas 10775 160 12861 11718 19 16275 18680 19407 16403 19727 17376 13398 17797 7452 10855 1379 16 100
Aureobasidium 0 191 0 0 246 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 13

Darstellung der NGS-LeseprozessesTable 2. Representation of the NGS reading process

Parameter OTUs Prozent
Gesamtzahl der Eingabesequenzen 1.471.487 100,0 %
Verbleibende Sequenzen nach Vorverarbeitung und Qualitätsfilterung 1.471.454 100,0 %
Verbleibende Sequenzen nach Chimärenerkennung und -filterung 1.469.417 99,9 %
Gesamtzahl der OTUs zugewiesenen Sequenzen 1.236.742 84,0 %
Gesamtzahl der den Taxa zugeordneten Sequenzen 1.236.227 84,0 %
Kopienzahl korrigierte Gesamtzahl 339.349 –
Gesamtzahl der OTUs 1.216 100,0 %
Anzahl der OTUs, die der Taxonomie zugeordnet sind 1.215 99,9 %

Mineralstoffdarstellung in Form von Mittelwerten und Standardabweichungen, erstellt mittels Photometrie und Amtomabsorption; n. n. nicht nachweisbarTable 1. Representation of the mean values and standard deviations of the minerals using photometry and amtomabsorption; n. n. undetectable

Kalium mg/l Natrium mg/l Magnesium mg/l Calcium mg/l Asche mg/l Kupfer mg/l Eisen mg/l Zink mg/l Mangan mg/l Gesamt-Phosphat (als P2O5) mg/l
Blutungssaft 110 ± 80 n.n. 7,5 ± 6 77,25 ± 6,8 466,8 ± 77 < 0.13 n.n. n.n. 0,38 ± 0,17 48,43 ± 30,98
eISSN:
2719-5430
Language:
English
Publication timeframe:
4 times per year
Journal Subjects:
Life Sciences, Ecology, other
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