Logowanie
Zarejestruj się
Zresetuj hasło
Publikuj i Dystrybuuj
Rozwiązania Wydawnicze
Rozwiązania Dystrybucyjne
Dziedziny
Architektura i projektowanie
Bibliotekoznawstwo i bibliologia
Biznes i ekonomia
Chemia
Chemia przemysłowa
Filozofia
Fizyka
Historia
Informatyka
Inżynieria
Inżynieria materiałowa
Językoznawstwo i semiotyka
Kulturoznawstwo
Literatura
Matematyka
Medycyna
Muzyka
Nauki farmaceutyczne
Nauki klasyczne i starożytne studia bliskowschodnie
Nauki o Ziemi
Nauki o organizmach żywych
Nauki społeczne
Prawo
Sport i rekreacja
Studia judaistyczne
Sztuka
Teologia i religia
Zagadnienia ogólne
Publikacje
Czasopisma
Książki
Materiały konferencyjne
Wydawcy
Blog
Kontakt
Wyszukiwanie
EUR
USD
GBP
Polski
English
Deutsch
Polski
Español
Français
Italiano
Koszyk
Home
Czasopisma
Journal of Nematology
Tom 51 (2019): Zeszyt 1 (January 2019)
Otwarty dostęp
A loop-mediated isothermal amplification assay for the plant-parasitic nematode
Aphelenchoides besseyi
in rice seedlings
Jiue-in Yang
Jiue-in Yang
oraz
Guan-yi Yu
Guan-yi Yu
| 07 gru 2019
Journal of Nematology
Tom 51 (2019): Zeszyt 1 (January 2019)
O artykule
Poprzedni artykuł
Następny artykuł
Abstrakt
Artykuł
Ilustracje i tabele
Referencje
Autorzy
Artykuły w tym zeszycie
Podgląd
PDF
Zacytuj
Udostępnij
Article Category:
Arts & Humanities
Data publikacji:
07 gru 2019
Zakres stron:
1 - 11
Otrzymano:
22 cze 2019
DOI:
https://doi.org/10.21307/jofnem-2019-080
© 2019 Jiue-in Yang et al., published by Sciendo
This work is licensed under the Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Figure 1:
Multiple sequence alignment of partial mitochondria COI gene of A. besseyi and selected closely related species. The isolate HW was chosen as the A. besseyi reference sequence. In the aligned sequences, a dot indicates a match, a letter indicates a mismatch compared to the reference sequence. The gray arrows under the reference sequence indicate the binding locations of the designed LAMP primer set AB-ID37.
Figure 2:
The efficiency test result of four LAMP primer sets. The colorful curves represent different LAMP primer sets. 106 copies/μl A. besseyi cloned plasmids were used as template.
Figure 3:
The A. besseyi specific AB-ID37 LAMP assay specificity on aboveground plant-parasitic nematodes with gel electrophoresis analysis. L: ladder, N: negative control. (A) Examine with A. besseyi isolates from rice (GD, HW, TG9, YL, YG and YL1) and nest fern (GK, HL1-3). (B) Examine with different species of aboveground plant-parasitic nematodes.
Figure 4:
Sensitivity examination of the A. besseyi specific AB-ID37 LAMP assay. (A) The turbidity detection using 106~101 copies/μl target sequence cloned plasmids as template. (B) The electrophoresis gel result when used 10-fold dilutions of single nematode crude DNA. L: ladder, N: negative control.
Figure 5:
The specificity and sensitivity test result of PCR primer pair AbF5/AbR5. L: ladder, N: negative control. (A) Aphelenchoides spp. were examined. GD: A. besseyi isolate from rice, HL1: A. besseyi isolate from nest fern, AS: A. fujianensis, SP: A. fragariae and ABC: A. bicaudatus. (B) Using serial 10-fold dilutions of single nematode crude DNA as template.
Figure 6:
The application sensitivity exam on total DNA of A. besseyi-inoculated rice seedlings with the A. besseyi specific AB-ID37 LAMP assay. The colorful curves indicate different amount of nematode inoculated on a single rice seedling, ranging from 60, 40, 20, 10, 5, 1 to 0. N: negative control.
Figure 7:
Different visualization options for the application of the A. besseyi specific AB-ID37 LAMP assay on total DNA of A. besseyi-inoculated rice seedlings. Triplicate of samples inoculation nematode numbers 40, 20, 10, 5, 1, 0 per seedling were tested. N: negative control. (A) Gel electrophoresis. L: ladder, N: negative control. (B) HNB staining. The sky-blue color indicates positive amplification. (C) Lateral flow dipstick (LFD). The purple color appearance at both control line and test line indicates a successful detection of target from LAMP PCR reaction. The test results with 40 nematodes are not shown.
Podgląd