Płynna biopsja to zabieg diagnostyczny polegający na pobraniu krwi od chorego w celu diagnostyki nowotworu. Próbkę krwi poddaje się analizie pod kątem obecności krążących komórek nowotworowych lub kwasu deoksyrybonukleinowego (DNA – deoxyribonucleic acid) pochodzącego z nowotworu [1,2,3]. Pozakomórkowy krążący we krwi DNA nazywany jest cfDNA (circulating free DNA) i wykazuje te same zmiany genetyczne, które istnieją w guzach nowotworowych [4,5,6]. Krew może być zatem bogatym źródłem informacji o zmianach genetycznych czy epigenetycznych w nowotworze. Płynna biopsja jest badaniem mało inwazyjnym w porównaniu do innych metod diagnostycznych. Będąc alternatywą do biopsji z guza, przedstawia szczególną wartość nie tylko w przypadkach niedostępności materiału tkankowego, ale również ze względu na możliwość wielokrotnego jej powtarzania np. na różnych etapach leczenia czy po jego zakończeniu [7,8,9]. Płynna biopsja stwarza unikalną możliwość śledzenia obecności ocenianej cechy genetycznej w aspekcie skuteczności terapii czy też wczesnego wykrycia wznowy nowotworu. U części chorych na raka regionu głowy i szyi (RRGiSz) za kancerogenne działanie odpowiadają wirusy HPV (Human Papillomavirus), nazywane wirusami wysokiego ryzyka. HPV aż w 70% jest czynnikiem etiologicznym raka gardła środkowego [10,11,12]. Ocenę obecności DNA wirusa HPV w płynnej biopsji (circulating tumor HPV, ctHPV) można zatem wykorzystać do potwierdzenia etiologii nowotworu HPV-zależnego oraz do określenia stopnia remisji choroby podczas leczenia.
Proces onkogenezy z udziałem ludzkiego wirusa brodawczaka (HPV)
Wirus brodawczaka ludzkiego (HPV) to wirus o ikosaedralnej symetrii, którego materiałem genetycznym jest dwuniciowa cząsteczka DNA. W swoim genomie liczącym ok. 8000 pz zawiera dwa regiony kodujące, składające się z sześciu genów wczesnych (E – early) i dwóch późnych (L – late), które rozdzielone są regionem regulatorowym (UPR – upstream regulatory region) [13, 14]. HPV wykazuje tropizm do różnicujących się komórek nabłonkowych, które są niezbędne do przejścia pełnego cyklu rozwojowego [15, 16]. Wirus ma ponad 100 wariantów genetycznych, które zostały podzielone na typy wysokiego ryzyka, np. HPV16 (nawet do 93,6% pozytywnych guzów), 18 (do 18%), 35 (do 7,6%), 33 (do 4%), 45 (ok. 4%) 39 (ok. 0,6%), 52 (3,2%), 51 (11,4%), 31 (7,1%) i niskiego ryzyka, np. HPV 6 i 11 [13, 17,18,19,20]. Typy o niskim potencjale onkogennym (niskiego ryzyka) mogą powodować wzrost nieprawidłowych komórek, ale tylko typy o wysokim potencjale onkogennym (wysokiego ryzyka) prowadzą do rozwoju nowotworu, ponieważ posiadają gen kodujący białko E7, które umożliwia immortalizację ludzkich komórek nabłonkowych, co oznacza, że komórki ulegają niekontrolowanym, ciągłym podziałom [21,22,23]. Dłuższe narażenie na tego wirusa, występujące podczas chronicznej infekcji oraz współtowarzysząca niesprawność układu odpornościowego mogą doprowadzić już po ok. 10 latach do rozwoju nowotworu [24,25,26]. Kluczową rolę w kancerogenezie odgrywają białka kodowane przez geny wczesne E, natomiast produkty genów późnych L pełnią funkcję strukturalną wirusa [27,28,29,30]. Kodowane przez genom wirusa onkoproteiny E6 i E7 powodują degradację i inaktywację białek supresorowych pRb i p53, które w prawidłowych warunkach są odpowiedzialne za kontrolę cyklu komórkowego, poprzez indukcję naprawy DNA lub indukcję apoptozy [31,32,33]. Przy braku aktywności białka Rb często dochodzi do amplifikacji centrosomów, co powoduje zaburzenie rozchodzenia się chromosomów do komórek potomnych czyli aneuploidię, co z kolei generuje niestabilność genetyczną komórki [34]. Degradacja białka p53 za pośrednictwem ubikwityny, powoduje blokadę apoptozy, przez co komórki ulegają niekontrolowanym podziałom, co przyczynia się do kumulacji mutacji, promocji transformacji nowotworowej oraz powstawania raka [35,36,37,38].
Wirus brodawczaka ludzkiego może znajdować się w komórce w formie episomalnej (pozachromosomowej, niezintegrowanej) lub zintegrowanej z chromosomem gospodarza [39]. Obserwacja obecności formy episomalnej w zmianach przednowotworowych oraz dominacji formy zintegrowanej w zmianach o wysokim stopniu zaawansowania doprowadziła do ogólnego stwierdzenia wpływu integracji na progresję nowotworową [40, 41]. Nie ma ściśle określonego miejsca, w którym zachodzi integracja, choć zauważono, że występuje ona w pobliżu miejsc bardziej dostępnych i wrażliwych na pęknięcia [42,43,44,45]. Badania nad RRGiSz wykazały obecność bardzo wielu miejsc integracji, przy czym najczęściej HPV wbudowuje się do chromosomów 1, 3, 8, 9, 17 i 21, a zjawisku temu mogą dodatkowo towarzyszyć rearanżacje chromosomowe, takie jak translokacja, delecja lub duplikacja [45, 47, 48]. Integracja zachodzi zarówno w regionach międzygenowych, jak również w regionach kodujących geny. Dotychczas zidentyfikowano kilkanaście genów zaburzonych integracją HPV, a które mogą oddziaływać na szlaki związane z onkogenezą. W grupie tych genów są DIAPH2, TP63 i NAP14, BCL2, BRE, EPHA7, FANCC, HDAC2, INO80C, LEPREL1, SYNPO2, TRAF3, TUBD1, ERC2, GARS, SLC7A1, SYN3, ZMAT4, CUX1, CSMD1, EBF3, FOXK2, CDH11, DNAJB6, FOXP2, EPHA3, PTEN [45, 47, 48]. Przy czym, region kodujący gen TP63 wskazano jako najczęstsze miejsce integracji wirusa [45, 47,48,49].
W przypadku nowotworów RGiSz zaobserwowano dominowanie formy episomalnej w zaawansowanych guzach. Badania na materiale biopsyjnym wykazały obecność formy episomalnej w 61% RGiSz [45]. W innych badaniach wykazano obecność formy episomalnej we wszystkich bioptatach (wycinkach) raka migdałka [50]. Z kolei badania na różnych liniach komórkowych (wyprowadzonych z raka podstawy języka, jamy ustnej) pokazują, że w większości z nich obecne są postacie zintegrowane lub mieszanka zintegrowanej i episomalnej formy wirusa [47]. Natomiast najnowsze badania sekwencjonowania całego genomu wykazało integrację DNA HPV w 70% guzów (rak podstawy języka lub rak migdałka) [48]. Wynika z tego, że w nowotworach regionu głowy i szyi forma episomalna występuje również w zaawansowanych guzach. Skutek kliniczny obecności formy episomalnej nie jest dobrze poznany, choć Nulton i wsp. w swoich badaniach wykazali, że pacjenci chorzy na RRGiSz i guzami ze zintegrowaną formy wirusa mieli gorszy współczynnik przeżycia niż pacjenci z formą episomalną [51].
Płynna biopsja i pozakomórkowy nowotworowy DNA we krwi
Pozakomórkowy DNA – cfDNA (circulating cell-free DNA), [52, 53] odnosi się do całkowitej ilości DNA we krwi [54]. Okres półtrwania cfDNA we krwi może wynosić od kilkunastu minut do kilku godzin i zależy od konformacji lub długości cząsteczek cfDNA [55,56,57]. Dłużej w krwiobiegu utrzymuje się dwuniciowa niż jednoniciowa forma, a dodatkowo stwierdzono, że mniejsze cząsteczki cfDNA są usuwane szybciej z organizmu niż te większe [56, 57]. Główna frakcja całkowitego cfDNA pochodzi z komórek prawidłowych, a jedynie tylko jego część (od ok. 3% do 63%) pochodzi z komórek nowotworowych guza [58,59,60].
Funkcjonujące w onkologii pojęcie krążącego nowotworowego DNA, w skrócie ctDNA (circulating tumor DNA) odnosi się właśnie do frakcji nowotworowej. Obecne w ctDNA zmiany genetyczne lub epigenetyczne są identyczne z tymi znajdywanymi w komórce nowotworowej guza [7, 61,62,63]. Mechanizm uwalniania kwasów nukleinowych do krwi nie jest dokładnie znany. Jeden z postulatów utrzymuje, że ctDNA pochodzą z rozpadu, krążących we krwi komórek nowotworowych. Innym mechanizmem jest samorzutne wydzielanie DNA do krwi w wyniku oddziaływania proliferujących komórek nowotworowych z limfocytami. Do możliwych procesów, w wyniku których dochodzi do uwalniania DNA guza do krwi zalicza się również zjawiska martwicy i apoptozy [64, 65].
W przypadku nowotworów o etiologii wirusowej, część całkowitej puli cfDNA będzie miała sekwencje wirusowe. Wykrywanie cząsteczek genomu wirusa w całkowitej puli cfDNA pacjentów z rakiem zależnym od HPV stał się podstawą koncepcji, że DNA HPV pochodzi z komórki nowotworowej, a wobec faktu wykrywania go w krwiobiegu nazywany jest krążącym DNA HPV (w skrócie ctHPV) [66, 67, 68]. ctHPV odnosi się do frakcji pochodzącej z komórek guza zawierających HPV i w tym znaczeniu jest odpowiednikiem funkcjonującego ogólnego termin ctDNA w onkologii. Czułość tego biomarkera we krwi chorych na RGŚ do wykrywania nowotworu wynosi ok 80%, natomiast specyficzność mieści się w zakresie od 95% do 98% [69, 70]. Natomiast zastosowanie go do wykrywania wznowy po zakończonym leczeniu odznacza się czułością 73% i swoistością 100% [70]. Ze względu na niewielką inwazyjność pobrania płynnej biopsji czyli pobrania krwi w celu pozyskania cfDNA, jest on pożądanym materiałem dla diagnostyki molekularnej ctHPV i umożliwia monitorowanie jego poziomu we krwi. Rutynowa diagnostyka ctHPV u pacjentów z RGŚ zależnym od HPV zwiększa prawdopodobieństwo wykrycia nowotworu, a włączenie diagnostyki ctHPV opartej na osoczu do obecnych protokołów i standardów może zwiększyć zdolność klinicysty do oceny stanu pacjena [71, 72].
Metody detekcji krążącego DNA HPV we krwi
Powszechnie stosowaną metodą badania ctHPV jest badanie PCR. Do badania wystarcza zwykle pobranie 5–10 ml krwi z żyły. Separacja osocza wymaga powszechnie dostępnego sprzętu jak wirówki, ekstrakcję DNA z osocza można przeprowadzić komercyjnie dostępnymi zestawami do izolacji manualnej lub automatycznej, a badanie PCR przeprowadza się przy użyciu termocyklera z detektorem i pomiarem w czasie rzeczywistym [73, 74]. Początkowe doniesienia wskazywały na niską czułość klasycznej metody PCR [75], która w następnych badaniach została zastąpiona qPCR (quantitative polymerase chain reaction), z wykorzystaniem sond fluorescencyjnych do sekwencji E6 lub E7, wykazując znacznie wyższą czułość wykrywania ctHPV w osoczu, sięgającą ok. 65% [76, 77]. Technika qPCR to jedna z najpopularniejszych metod do ilościowego określania DNA, która w laboratorium diagnostycznym jest przeprowadzana przez diagnostę laboratoryjnego. Metoda qPCR jest czułym, nieskomplikowanym badaniem do oznaczania małej ilości kwasów nukleinowych we krwi, a wynik analizy można uzyskać już po kilku godzinach. W jednym z pierwszych doniesień o wykorzystaniu tej techniki w oznaczaniu DNA w płynach ustrojowych, grupa badaczy Cao i wsp. pokazali, że zwiększenie czułości qPCR można osiągnąć poprzez zwiększenie objętości osocza użytego do izolacji cfDNA [76]. W badaniach Cao i wsp. należy jednak zwrócić uwagę na dużą rozpiętość w liczbie kopii u poszczególnych pacjentów w zakresie od ok. 100 kopii/ml do ok. 6000 kopii/ml. Na podstawie tego, można wnioskować, że liczba kopii DNA HPV jest osobniczo charakterystyczna, a wyjściowa ilość kopii w guzie koreluje z ilością we krwi, co pokazuje badanie Mazurek i wsp. [77]. W pracy wykazano także, że mała liczba kopii w guzie istotnie wpływa na wykrywalność wirusa we krwi [77]. Spośród wszystkich pacjentów z wykrytym DNA wirusa HPV16 w guzie za pomocą techniki qPCR, u 27% mediana kopii wynosiła 63 kopii/genom i w tej grupie ctHPV nie był wykrywany we krwi, natomiast u 72% pacjentów z większą ilością DNA wirusa HPV w guzie (mediana 463 kopii/genom) ctHPV był wykrywany we krwi [77]. Należy tu wspomnieć, że spośród wszystkich RRGiSz najmniejsze ilości DNA HPV w guzie zaobserwowano w rakach krtani, nosogardła, zatok czy jamy ustnej, a w rakach gardła dolnego wirusa nie stwierdza się, co przekłada się na fakt niewykrywalności ctHPV we krwi tej grupy chorych [badania własne].
W badaniach Ahn i wsp., których celem było zwiększenie czułości i specyficzności, do oznaczania miana wirusa wykorzystano nie tylko osocze ale również ślinę jako źródło cfDNA [78]. Badacze zastosowali kombinację próbek osocza i śliny do zwiększenia czułości statusu HPV16 przed leczeniem jako narzędzia do badania przesiewowego w kierunku raka gardła środkowego (RGŚ) zależnego od HPV [78]. Czułość łączonego badania śliny i osocza pobranych przed leczeniem wynosiła 76%, podczas gdy czułość samej śliny wynosiła 52,8%, a samego osocza 67,3%. Dołączenie zatem badania z wykorzystaniem śliny do badania osocza zwiększyło czułość wykrywania pacjentów z pozytywnym wynikiem HPV16 o 9%, przy czym specyficzność wynosiła 100% w łączonym jak i oddzielnych badaniach śliny lub osocza [78]. Grupa badaczy Ahn i wsp. przeprowadziła również badania korelacji wyniku testu HPV ze stanem klinicznym po leczeniu, ale czułość metody opartej na ślinie okazała się znacznie niższa (18%) w porównaniu do trzykrotnie wyższej czułości opartej na badaniu osocza (55%) [78].
Inną metodą wykorzystaną do wykrywania HPV u chorych na RGŚ może być ddPCR (digital droplet PCR), który umożliwia wykrywanie i ocenę ilościową niskich poziomów ctHPV [79]. W badaniach Chera i wsp, wykazano, że czułość techniki ddPCR do wykrywania ctHPV w osoczu jest wysoka i wynosi 89%, choć swoistość w tej technice jest już nieco niższa i wynosi 97% (w porównaniu do ww. badań z wykorzystaniem qPCR) [80]. W innym badaniu wykazano silną korelację ilości kopii ctHPV w osoczu za pomocą ddPCR a całkowitym obciążeniem guza (TTB – total tumor burden) [81]. TTB to suma największej średnicy wszystkich wykrywalnych zmian w obrazowaniu obliczana przed leczeniem. Badania pokazały, że mediana miana ctHPV była najniższa u pacjentów z chorobą lokoregionalną (5 kopii/ml), wyższa u chorych z przerzutami do płuc (163 kopii/ml), a najwyższy poziom był u pacjentów z rozsianą chorobą (452 kopii/ml) [81].
W większości badań źródłem pozakomórkowego nowotworowego DNA jest osocze, a nie surowica. Biorąc pod uwagę fakt rozpadu białych krwinek podczas procesu krzepnięcia wydaje się logiczne, że surowica może zawierać więcej DNA pochodzącego z komórek prawidłowych pojawiającego się podczas krzepnięcia. W naszych badaniach oszacowaliśmy, że w surowicy jest znacznie więcej całkowitego cfDNA i powstający produkt endogennej kontroli (np. genu globiny, który jest wewnętrzną kontrolą obecności DNA) może zaburzać wykrywanie ctHPV [dane niepublikowane]. Dlatego należy z ostrożnością podejść do badań opierających się na surowicy jako źródła cfDNA. Przykładem takich niepewnych wyników mogą być badania Dahlstroma i wsp., w których wykorzystana jest też surowica, a autorzy poddają wątpliwości wykorzystania ctHPV jako biomarkera wznowy ponieważ nie zostaje on wykryty u niektórych pacjentów [82].
Ostatecznie do badania wykorzystywane są różne ilości materiału wyjściowego i najczęściej jest to osocze. Do izolacji DNA wykorzystuje się różne metody, manualne z wykorzystaniem zestawów lub automatyczne. Wykrywanie ctHPV oparte jest na technologii PCR i dominują dwie metody detekcji qPCR oraz ddPCR. W tabeli I przedstawiono przegląd metodologii badania ctHPV we krwi u chorych na raka gardła środkowego.
Przegląd metodologii ilościowego pomiaru ctHPV we krwi
Krążące DNA HPV w monitorowaniu przebiegu chemioradioterapii i wczesnej ocenie stanu wyleczenia chorych na raka gardła środkowego
Leczenie zawansowanych nowotworów regionu głowy i szyi radioterapią samodzielną (RT) bądź w skojarzeniu z chemioterapią (CHRT) jest leczeniem z wyboru [83, 84]. Jest to leczenie pozwalające oszczędzić organy do zachowania podstawowych funkcji życiowych jak np. gardło [83]. Ponieważ około 70% RGŚ ma etiologię wirusową, to w tej grupie chorych HPV może być markerem wykorzystanym do monitorowania postępów CHRT. W jednym z pierwszych doniesień literaturowych, dotyczących przydatności biomarkera ctHPV w monitorowaniu, wykazano stopniowy spadek kopii ctHPV we krwi podczas CHRT, aż do całkowitego zaniku [76]. U kilku chorych, u których wykryto przerzuty do płuc lub węzłów chłonnych, ctHPV był wykrywany również we krwi. U jednego chorego ctHPV wykryto 4 miesiące przed wykryciem przerzutów do płuc, a obecność guza w płucu (przerzut) zostało potwierdzone za pomocą tomografii komputerowej klatki piersiowej [76].
W badaniu Chera i wsp., za pomocą techniki ddPCR pokazano profil spadku (klirens) liczby kopii ctHPV podczas CHRT pacjentów chorych na RGŚ [80]. W pracy pokazano, że szybkość klirensu ctHPV16 (circulating tumor HPV type 16) koreluje z efektem CHRT. Pacjenci, u których po 4 tygodniu leczenia nie stwierdzono ctHPV16 we krwi mieli doskonały czas przeżycia wolny od wznowy węzłowej i miejscowej (100% po 18 miesiącach). Wśród pacjentów z niekorzystnym profilem klirensu ctHPV16, który ciągle utrzymywał się we krwi po 4 tygodniu, zaobserwowano wysokie prawdopodobieństwo wystąpienia choroby resztkowej lub nawrót regionalnej choroby węzłowej (35% po 18 miesiącach) [80]. W badaniach Hanna i wsp., w których wykorzystywano ślinę oraz krew pacjentów jako źródła cfDNA zaobserwowano korelację ctHPV ze wznową lokoregionalną (miejscową), natomiast u pacjentów z przerzutami odległymi taka korelacja nie występowała [85]. Z kolei, Ahn i wsp. stwierdzili, że badanie samej śliny jest stosunkowo niespecyficznym markerem prognostycznym i dopiero w połączeniu z osoczem pozwala na wyciągnięcie prawidłowych wniosków [78].
Największym atutem płynnej biopsji jest możliwość monitorowania choroby nowotworowej podczas leczenia oraz zaraz po jego zakończeniu umożliwiając wczesne wykrycie choroby resztkowej lub nawrotu choroby. Tradycyjnie zaleca się chirurgiczne leczenie ratunkowe po badaniu klinicznym i obrazowaniu wykonanym 10–12 tygodni po leczeniu, ale taka wczesna interpretacja może być trudna ze względu na zmiany związane z leczeniem, które ograniczają radiologiczne obrazowanie choroby resztkowej [86]. W naszych najnowszych badaniach śledzenie poziomu ctHPV16 po CHRT pomogło w rozpoznaniu choroby resztkowej, która nie była widoczna w obrazowaniu radiograficznym. Wynik badania ctHPV16 okazał się bardzo pomocny w podjęciu decyzji dotyczącej przeprowadzenia operacji ratującej [87]. U innego chorego wykazaliśmy, że wykryty ctHPV16 kilka tygodni po leczeniu był sygnałem do przeprowadzenia dokładnego badania pozytonowej tomografii emisyjnej, umożliwiając wykrycie przerzutu [87].
Podczas chemioterapii badanie obecności HPV we krwi może być wykonane przed przystąpieniem do wykonania każdego wlewu (podanie dożylne leku). Badanie molekularne poziomu ctHPV w osoczu nie stwarza żadnego dodatkowego ryzyka dla pacjenta, a przeprowadzenie tego badania podczas leczenia stwarza możliwość szybkiej identyfikacji oceny stopnia wyleczenia miejscowego i węzłowgo u chorych na RGŚ zależnego od HPV. Wykorzystując potencjalne narzędzie jakim jest płynna biopsja, badanie ctHPV może mieć wpływ na ocenę radiologiczną a następnie na dobór metody leczenia.
Podsumowanie
Badanie DNA HPV we krwi, skrótowo ctHPV, jako specyficznego biomarkera tylko dla chorego z rakiem zależnym od HPV, jest nowatorską metodą diagnostyczną, która:
jest przykładem zastosowania płynnej biopsji do diagnostyki RGŚ,
bazuje na qPCR lub ddPCR jako bardzo czułych i prostych technikach,
podczas leczenia umożliwia obserwację efektów leczenia pacjenta,
podczas wczesnej oceny stanu wyleczenia pomaga w rozróżnieniu między chorobą resztkową a zmianami związanymi z leczeniem,
podczas obserwacji po leczeniu umożliwia wykrycie nowotworu przed wystąpieniem objawów klinicznych.
Peck K., Sher Y.P., Shih J.Y., Roffler S.R., Wu C.W., Yang P.C.: Detection and quantitation of circulating cancer cells in the peripheral blood of lung cancer patients. Cancer Res.58, 2761–2765 (1998)PeckK.SherY.P.ShihJ.Y.RofflerS.R.WuC.W.YangP.C.Detection and quantitation of circulating cancer cells in the peripheral blood of lung cancer patientsCancer Res.58276127651998Search in Google Scholar
Schwarzenbach H., Alix-Panabières C., Müller I., Letang N., Vendrell J.P., Rebillard X., Pantel K.: Cell-free tumor DNA in blood plasma as a marker for circulating tumor cells in prostate cancer. Clin. Cancer Res.15, 1032–1038 (2009)SchwarzenbachH.Alix-PanabièresC.MüllerI.LetangN.VendrellJ.P.RebillardX.PantelK.Cell-free tumor DNA in blood plasma as a marker for circulating tumor cells in prostate cancerClin. Cancer Res.1510321038200910.1158/1078-0432.CCR-08-191019188176Search in Google Scholar
Punnoose E.A., Lackner M.R. i wsp.: Evaluation of circulating tumor cells and circulating tumor DNA in non-small cell lung cancer: association with clinical endpoints in a phase II clinical trial of pertuzumab and erlotinib. Clin. Cancer Res.18, 2391–2401 (2012)PunnooseE.A.LacknerM.R.Evaluation of circulating tumor cells and circulating tumor DNA in non-small cell lung cancer: association with clinical endpoints in a phase II clinical trial of pertuzumab and erlotinibClin. Cancer Res.1823912401201210.1158/1535-7163.TARG-11-PR-3Search in Google Scholar
Kidess-Sigal E, Jeffrey S.S i wsp.: Enumeration and targeted analysis of KRAS, BRAF and PIK3CA mutations in CTCs captured by a label-free platform: Comparison to ctDNA and tissue in metastatic colorectal cancer. Oncotarget, 7, 85349–85364 (2016)Kidess-SigalEJeffreyS.SEnumeration and targeted analysis of KRAS, BRAF and PIK3CA mutations in CTCs captured by a label-free platform: Comparison to ctDNA and tissue in metastatic colorectal cancerOncotarget78534985364201610.18632/oncotarget.13350535674127863403Search in Google Scholar
Higgins M.J., Park B.H i wsp.: Detection of tumor PIK3CA status in metastatic breast cancer using peripheral blood. Clin. Cancer Res.18, 3462–3469 (2012)HigginsM.J.ParkB.HDetection of tumor PIK3CA status in metastatic breast cancer using peripheral bloodClin. Cancer Res.1834623469201210.1158/1078-0432.CCR-11-2696353337022421194Search in Google Scholar
Zhu G., Ye X., Dong Z., Lu Y. C., Sun Y., Liu Y., McCormack R., Gu Y., Liu X.: Highly Sensitive Droplet Digital PCR Method for Detection of EGFR-Activating Mutations in Plasma Cell-Free DNA from Patients with Advanced Non-Small Cell Lung Cancer. J. Mol. Diagn.17, 265–272 (2015)ZhuG.YeX.DongZ.LuY. C.SunY.LiuY.McCormackR.GuY.LiuX.Highly Sensitive Droplet Digital PCR Method for Detection of EGFR-Activating Mutations in Plasma Cell-Free DNA from Patients with Advanced Non-Small Cell Lung CancerJ. Mol. Diagn.17265272201510.1016/j.jmoldx.2015.01.00425769900Search in Google Scholar
Thierry A.R., Ychou M. i wsp.: Clinical validation of the detection of KRAS and BRAF mutations from circulating tumor DNA. Nat. Med.20, 430–435 (2014)ThierryA.R.YchouM.Clinical validation of the detection of KRAS and BRAF mutations from circulating tumor DNANat. Med.20430435201410.1038/nm.351124658074Search in Google Scholar
Yang Y., Shen X., Li R., Shen J., Zhang H., Yu L., Liu B., Wang L.: The detection and significance of EGFR and BRAF in cell-free DNA of peripheral blood in NSCLC. Oncotarget, 8, 49773–49782 (2017)YangY.ShenX.LiR.ShenJ.ZhangH.YuL.LiuB.WangL.The detection and significance of EGFR and BRAF in cell-free DNA of peripheral blood in NSCLCOncotarget84977349782201710.18632/oncotarget.17937556480628572536Search in Google Scholar
Mazurek A.M., Rutkowski T., Fiszer-Kierzkowska A., Małusecka E., Składowski K.: Assessment of the total cfDNA and HPV16/18 detection in plasma samples of head and neck squamous cell carcinoma patients. Oral Oncol.54, 36–41 (2016)MazurekA.M.RutkowskiT.Fiszer-KierzkowskaA.MałuseckaE.SkładowskiK.Assessment of the total cfDNA and HPV16/18 detection in plasma samples of head and neck squamous cell carcinoma patientsOral Oncol.543641201610.1016/j.oraloncology.2015.12.00226786940Search in Google Scholar
D’Souza G., Kreimer A.R., Viscidi R., Pawlita M., Fakhry C., Koch W.M., Westra W.H., Gillison M.L.: Case-control study of human papillomavirus and oropharyngeal cancer. N. Engl. J. Med.356, 1944–1956 (2007)D’SouzaG.KreimerA.R.ViscidiR.PawlitaM.FakhryC.KochW.M.WestraW.H.GillisonM.L.Case-control study of human papillomavirus and oropharyngeal cancerN. Engl. J. Med.35619441956200710.1056/NEJMoa06549717494927Search in Google Scholar
Lohavanichbutr P., Chen C. i wsp.: Genomewide gene expression profiles of HPV-positive and HPV-negative oropharyngeal cancer: potential implications for treatment choices. Arch. Otolaryngol. Head Neck Surg.135, 180–188 (2009)LohavanichbutrP.ChenC.Genomewide gene expression profiles of HPV-positive and HPV-negative oropharyngeal cancer: potential implications for treatment choicesArch. Otolaryngol. Head Neck Surg.135180188200910.1001/archoto.2008.540276182919221247Search in Google Scholar
Mehanna H., Beech T., Nicholson T., El-Hariry I., McConkey C., Paleri V., Roberts S.: Prevalence of human papillomavirus in oropharyngeal and nonoropharyngeal head and neck cancer-systematic review and meta-analysis of trends by time and region. Head & Neck, 35, 747–755 (2013)MehannaH.BeechT.NicholsonT.El-HariryI.McConkeyC.PaleriV.RobertsS.Prevalence of human papillomavirus in oropharyngeal and nonoropharyngeal head and neck cancer-systematic review and meta-analysis of trends by time and regionHead & Neck35747755201310.1002/hed.22015Search in Google Scholar
Ganguly N., Parihar S.P.: Human papillomavirus E6 and E7 oncoproteins as risk factors for tumorigenesis. J. Biosci.34, 113–123 (2009)GangulyN.PariharS.P.Human papillomavirus E6 and E7 oncoproteins as risk factors for tumorigenesisJ. Biosci.34113123200910.1007/s12038-009-0013-7Search in Google Scholar
Faridi R., Zahra A., Khan K., Idrees M.: Oncogenic potential of Human Papillomavirus (HPV) and its relation with cervical cancer. Virol. J.8, 1–8 (2011)FaridiR.ZahraA.KhanK.IdreesM.Oncogenic potential of Human Papillomavirus (HPV) and its relation with cervical cancerVirol. J.818201110.1186/1743-422X-8-269Search in Google Scholar
Mack D.H., Laimins L.A.: A keratinocyte-specific transcription factor, KRF-1, interacts with AP-1 to activate expression of human papillomavirus type 18 in squamous epithelial cells. Proc. Natl. Aca.d Sci. USA, 88, 9102–9106 (1991)MackD.H.LaiminsL.A.A keratinocyte-specific transcription factor, KRF-1, interacts with AP-1 to activate expression of human papillomavirus type 18 in squamous epithelial cellsProc. Natl. Aca.d Sci. USA8891029106199110.1073/pnas.88.20.9102Search in Google Scholar
Yoon C.S., Kim K.D., Park S.N., Cheong S.W.: alpha(6) Integrin is the main receptor of human papillomavirus type 16 VLP. Biochem. Biophys. Res. Commun.283, 668–673 (2001)YoonC.S.KimK.D.ParkS.N.CheongS.W.alpha(6) Integrin is the main receptor of human papillomavirus type 16 VLPBiochem. Biophys. Res. Commun.283668673200110.1006/bbrc.2001.4838Search in Google Scholar
Walline H.M., Carey T.E. i wsp.: High-risk human papillomavirus detection in oropharyngeal, nasopharyngeal, and oral cavity cancers: comparison of multiple methods. JAMA Otolaryngol. Head Neck Surg.139, 1320–1327 (2013)WallineH.M.CareyT.E.High-risk human papillomavirus detection in oropharyngeal, nasopharyngeal, and oral cavity cancers: comparison of multiple methodsJAMA Otolaryngol. Head Neck Surg.13913201327201310.1001/jamaoto.2013.5460Search in Google Scholar
Lont A.P., Kroon B.K., Horenblas S., Gallee M.P., Berkhof J., Meijer C.J., Snijders P.J.: Presence of high-risk human papillomavirus DNA in penile carcinoma predicts favorable outcome in survival. Int. J. Cancer, 119, 1078–1081 (2006)LontA.P.KroonB.K.HorenblasS.GalleeM.P.BerkhofJ.MeijerC.J.SnijdersP.J.Presence of high-risk human papillomavirus DNA in penile carcinoma predicts favorable outcome in survivalInt. J. Cancer11910781081200610.1002/ijc.21961Search in Google Scholar
Kulasingam S.L., Hughes J.P., Kiviat N.B., Mao C., Weiss N.S., Kuypers J.M., Koutsky L.A.: Evaluation of human papillomavirus testing in primary screening for cervical abnormalities: comparison of sensitivity, specificity, and frequency of referral. JAMA, 288, 1749–1757 (2002)KulasingamS.L.HughesJ.P.KiviatN.B.MaoC.WeissN.S.KuypersJ.M.KoutskyL.A.Evaluation of human papillomavirus testing in primary screening for cervical abnormalities: comparison of sensitivity, specificity, and frequency of referralJAMA28817491757200210.1001/jama.288.14.1749Search in Google Scholar
Lee S.A., Song Y.S. i wsp.: Multiple HPV infection in cervical cancer screened by HPVDNA Chip. Cancer Lett.198, 187–192 (2003)LeeS.A.SongY.S.Multiple HPV infection in cervical cancer screened by HPVDNA ChipCancer Lett.198187192200310.1016/S0304-3835(03)00312-4Search in Google Scholar
Münger K., Yee C.L., Phelps W.C., Pietenpol J.A., Moses H.L., Howley P.M.: Biochemical and biological differences between E7 oncoproteins of the high- and low-risk human papillomavirus types are determined by amino-terminal sequences. J. Virol.65, 3943–3948 (1991)MüngerK.YeeC.L.PhelpsW.C.PietenpolJ.A.MosesH.L.HowleyP.M.Biochemical and biological differences between E7 oncoproteins of the high- and low-risk human papillomavirus types are determined by amino-terminal sequencesJ. Virol.6539433948199110.1128/jvi.65.7.3943-3948.1991Search in Google Scholar
Havre P.A., Yuan J., Hedrick L., Cho K.R., Glazer P.M.: p53 inactivation by HPV16 E6 results in increased mutagenesis in human cells. Cancer Res.55, 4420–4424 (1995)HavreP.A.YuanJ.HedrickL.ChoK.R.GlazerP.M.p53 inactivation by HPV16 E6 results in increased mutagenesis in human cellsCancer Res.55442044241995Search in Google Scholar
Hiller T., Poppelreuther S., Stubenrauch F., Iftner T.: Comparative analysis of 19 genital human papillomavirus types with regard to p53 degradation, immortalization, phylogeny, and epidemiologic risk classification. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev.15, 1262–1267 (2006)HillerT.PoppelreutherS.StubenrauchF.IftnerT.Comparative analysis of 19 genital human papillomavirus types with regard to p53 degradation, immortalization, phylogeny, and epidemiologic risk classificationCancer Epidemiol. Biomarkers Prev.1512621267200610.1158/1055-9965.EPI-05-0778Search in Google Scholar
Wallin K.L., Wiklund F., Angström T., Bergman F., Stendahl U., Wadell G., Hallmans G., Dillner J.: Type-specific persistence of human papillomavirus DNA before the development of invasive cervical cancer. N. Eng.l J. Med.341, 1633–1638 (1999)WallinK.L.WiklundF.AngströmT.BergmanF.StendahlU.WadellG.HallmansG.DillnerJ.Type-specific persistence of human papillomavirus DNA before the development of invasive cervical cancerN. Eng.l J. Med.34116331638199910.1056/NEJM199911253412201Search in Google Scholar
de Visser K.E., Korets L.V., Coussens L.M.: De novo carcinogenesis promoted by chronic inflammation is B lymphocyte dependent. Cancer Cell, 7, 411–423 (2005)de VisserK.E.KoretsL.V.CoussensL.M.De novo carcinogenesis promoted by chronic inflammation is B lymphocyte dependentCancer Cell7411423200510.1016/j.ccr.2005.04.014Search in Google Scholar
Ylitalo N., Adami H.O. i wsp.: A prospective study showing long-term infection with human papillomavirus 16 before the development of cervical carcinoma in situ. Cancer Res.60, 6027–6032 (2000)YlitaloN.AdamiH.O.A prospective study showing long-term infection with human papillomavirus 16 before the development of cervical carcinoma in situCancer Res.60602760322000Search in Google Scholar
Schwarz E., Freese U.K., Gissmann L., Mayer W., Roggenbuck B., Stremlau A., Zur Hausen H.: Structure and transcription of human papillomavirus sequences in cervical carcinoma cells. Nature, 314, 111–114 (1985)SchwarzE.FreeseU.K.GissmannL.MayerW.RoggenbuckB.StremlauA.Zur HausenH.Structure and transcription of human papillomavirus sequences in cervical carcinoma cellsNature314111114198510.1038/314111a0Search in Google Scholar
Scheffner M., Werness B.A., Huibregtse J.M., Mayer W., Roggenbuck B., Stremlau A., Zur Hausen H.: The E6 oncoprotein encoded by human papillomavirus types 16 and 18 promotes the degradation of p53. Cell, 63, 1129–1136 (1990)ScheffnerM.WernessB.A.HuibregtseJ.M.MayerW.RoggenbuckB.StremlauA.Zur HausenH.The E6 oncoprotein encoded by human papillomavirus types 16 and 18 promotes the degradation of p53Cell6311291136199010.1016/0092-8674(90)90409-8Search in Google Scholar
Dong W., Tommasino M. i wsp.: Skin hyperproliferation and susceptibility to chemical carcinogenesis in transgenic mice expressing E6 and E7 of human papillomavirus type 38. J. Virol.79, 14899–14908 (2005)DongW.TommasinoM.Skin hyperproliferation and susceptibility to chemical carcinogenesis in transgenic mice expressing E6 and E7 of human papillomavirus type 38J. Virol.791489914908200510.1128/JVI.79.23.14899-14908.2005128756616282489Search in Google Scholar
Hagensee M.E., Yaegashi N., Galloway D.A.: Self-assembly of human papillomavirus type 1 capsids by expression of the L1 protein alone or by coexpression of the L1 and L2 capsid proteins. J. Virol.67, 315–322 (1993)HagenseeM.E.YaegashiN.GallowayD.A.Self-assembly of human papillomavirus type 1 capsids by expression of the L1 protein alone or by coexpression of the L1 and L2 capsid proteinsJ. Virol.67315322199310.1128/jvi.67.1.315-322.19932373658380079Search in Google Scholar
Liu X., Clements A., Zhao K., Marmorstein R.: Structure of the human Papillomavirus E7 oncoprotein and its mechanism for inactivation of the retinoblastoma tumor suppressor. J. Biol. Chem.281, 578–586 (2006)LiuX.ClementsA.ZhaoK.MarmorsteinR.Structure of the human Papillomavirus E7 oncoprotein and its mechanism for inactivation of the retinoblastoma tumor suppressorJ. Biol. Chem.281578586200610.1074/jbc.M50845520016249186Search in Google Scholar
Santer F.R., Moser B., Spoden G.A., Jansen-Dürr P., Zwerschke W.: Human papillomavirus type 16 E7 oncoprotein inhibits apoptosis mediated by nuclear insulin-like growth factor-binding protein-3 by enhancing its ubiquitin/proteasome-dependent degradation. Carcinogenesis, 28, 2511–2520 (2007)SanterF.R.MoserB.SpodenG.A.Jansen-DürrP.ZwerschkeW.Human papillomavirus type 16 E7 oncoprotein inhibits apoptosis mediated by nuclear insulin-like growth factor-binding protein-3 by enhancing its ubiquitin/proteasome-dependent degradationCarcinogenesis2825112520200710.1093/carcin/bgm19917827406Search in Google Scholar
Vogt M., Butz K., Dymalla S., Semzow J., Hoppe-Seyler F.: Inhibition of Bax activity is crucial for the antiapoptotic function of the human papillomavirus E6 oncoprotein. Oncogene, 25, 4009–4015 (2006)VogtM.ButzK.DymallaS.SemzowJ.Hoppe-SeylerF.Inhibition of Bax activity is crucial for the antiapoptotic function of the human papillomavirus E6 oncoproteinOncogene2540094015200610.1038/sj.onc.120942916462759Search in Google Scholar
Iovino F, Lentini L, Amato A, Di Leonardo A.: RB acute loss induces centrosome amplification and aneuploidy in murine primary fibroblasts. Mol. Cancer, 5, 1–11 (2006)IovinoFLentiniLAmatoADi LeonardoA.RB acute loss induces centrosome amplification and aneuploidy in murine primary fibroblastsMol. Cancer5111200610.1186/1476-4598-5-38161325416987420Search in Google Scholar
Dalal S., Gao Q., Androphy E.J., Band V.: Mutational analysis of human papillomavirus type 16 E6 demonstrates that p53 degradation is necessary for immortalization of mammary epithelial cells. J. Virol.70, 683–688 (1996)DalalS.GaoQ.AndrophyE.J.BandV.Mutational analysis of human papillomavirus type 16 E6 demonstrates that p53 degradation is necessary for immortalization of mammary epithelial cellsJ. Virol.70683688199610.1128/jvi.70.2.683-688.19961898678551603Search in Google Scholar
Camus S., Menéndez S., Cheok C.F., Stevenson L.F., Lain S., Lane D.P.: Ubiquitin-independent degradation of p53 mediated by high-risk human papillomavirus protein E6. Oncogene, 26, 4059–4070 (2007)CamusS.MenéndezS.CheokC.F.StevensonL.F.LainS.LaneD.P.Ubiquitin-independent degradation of p53 mediated by high-risk human papillomavirus protein E6Oncogene2640594070200710.1038/sj.onc.1210188274271317224909Search in Google Scholar
Jabbar S., Strati K., Shin M.K., Pitot H.C., Lambert P.F.: Human papillomavirus type 16 E6 and E7 oncoproteins act synergistically to cause head and neck cancer in mice. Virology, 407, 60–67 (2010)JabbarS.StratiK.ShinM.K.PitotH.C.LambertP.F.Human papillomavirus type 16 E6 and E7 oncoproteins act synergistically to cause head and neck cancer in miceVirology4076067201010.1016/j.virol.2010.08.003294645920797753Search in Google Scholar
Rutkowski T., Składowski K.: Impact of human papillomavirus (HPV) on pathogenesis, treatment and prognosis of head and neck cancer. Współczesna Onkol.13, 233–240 (2009)RutkowskiT.SkładowskiK.Impact of human papillomavirus (HPV) on pathogenesis, treatment and prognosis of head and neck cancerWspółczesna Onkol.132332402009Search in Google Scholar
Koopman L.A., Szuhai K., van Eendenburg J.D., Bezrookove V., Kenter G.G., Schuuring E., Tanke H., Fleuren G.J.: Recurrent integration of human papillomaviruses 16, 45, and 67 near translocation breakpoints in new cervical cancer cell lines. Cancer Res.59, 5615–5624 (1999)KoopmanL.A.SzuhaiK.van EendenburgJ.D.BezrookoveV.KenterG.G.SchuuringE.TankeH.FleurenG.J.Recurrent integration of human papillomaviruses 16, 45, and 67 near translocation breakpoints in new cervical cancer cell linesCancer Res.59561556241999Search in Google Scholar
Ziegert C., Wentzensen N., Vinokurova S., Kisseljov F., Einenkel J., Hoeckel M., von Knebel Doeberitz M.: A comprehensive analysis of HPV integration loci in anogenital lesions combining transcript and genome-based amplification techniques. Oncogene, 22, 3977–3984 (2003)ZiegertC.WentzensenN.VinokurovaS.KisseljovF.EinenkelJ.HoeckelM.von Knebel DoeberitzM.A comprehensive analysis of HPV integration loci in anogenital lesions combining transcript and genome-based amplification techniquesOncogene2239773984200310.1038/sj.onc.120662912813471Search in Google Scholar
Peitsaro P., Johansson B., Syrjänen S.: Integrated human papillomavirus type 16 is frequently found in cervical cancer precursors as demonstrated by a novel quantitative real-time PCR technique. J. Clin. Microbiol.40, 886–891 (2002).PeitsaroP.JohanssonB.SyrjänenS.Integrated human papillomavirus type 16 is frequently found in cervical cancer precursors as demonstrated by a novel quantitative real-time PCR techniqueJ. Clin. Microbiol.40886891200210.1128/JCM.40.3.886-891.200212027511880410Search in Google Scholar
Wagatsuma M., Hashimoto K., Matsukura T.: Analysis of integrated human papillomavirus type 16 DNA in cervical cancers: amplification of viral sequences together with cellular flanking sequences. J. Virol.64, 813–821 (1990)WagatsumaM.HashimotoK.MatsukuraT.Analysis of integrated human papillomavirus type 16 DNA in cervical cancers: amplification of viral sequences together with cellular flanking sequencesJ. Virol.64813821199010.1128/jvi.64.2.813-821.1990Search in Google Scholar
Lace M.J., Anson J.R., Klussmann J.P., Wang D.H., Smith E.M., Haugen T.H., Turek L.P.: Human papillomavirus type 16 (HPV-16) genomes integrated in head and neck cancers and in HPV-16-immortalized human keratinocyte clones express chimeric virus-cell mRNAs similar to those found in cervical cancers. J. Virol.85, 1645–1654 (2011)LaceM.J.AnsonJ.R.KlussmannJ.P.WangD.H.SmithE.M.HaugenT.H.TurekL.P.Human papillomavirus type 16 (HPV-16) genomes integrated in head and neck cancers and in HPV-16-immortalized human keratinocyte clones express chimeric virus-cell mRNAs similar to those found in cervical cancersJ. Virol.8516451654201110.1128/JVI.02093-10302887521123375Search in Google Scholar
Matovina M., Sabol I., Grubisić G., Gašperov N.M., Grce M.: Identification of human papillomavirus type 16 integration sites in high-grade precancerous cervical lesions. Gynecol. Oncol.113, 120–127 (2009)MatovinaM.SabolI.GrubisićG.GašperovN.M.GrceM.Identification of human papillomavirus type 16 integration sites in high-grade precancerous cervical lesionsGynecol. Oncol.113120127200910.1016/j.ygyno.2008.12.00419157528Search in Google Scholar
Olthof N.C., Huebbers C.U. i wsp.: Comprehensive analysis of HPV16 integration in OSCC reveals no significant impact of physical status on viral oncogene and virally disrupted human gene expression. PLoS One,9, e88718 (2014)OlthofN.C.HuebbersC.U.Comprehensive analysis of HPV16 integration in OSCC reveals no significant impact of physical status on viral oncogene and virally disrupted human gene expressionPLoS One9e88718201410.1371/journal.pone.0088718393333124586376Search in Google Scholar
Walline H.M., Carey T.E. i wsp.: Integration of high-risk human papillomavirus into cellular cancer-related genes in head and neck cancer cell lines. Head Neck, 39, 840–852 (2017)WallineH.M.CareyT.E.Integration of high-risk human papillomavirus into cellular cancer-related genes in head and neck cancer cell linesHead Neck39840852201710.1002/hed.24729539218428236344Search in Google Scholar
Olthof N.C., Speel E.J.M. i wsp.: Viral load, gene expression and mapping of viral integration sites in HPV16-associated HNSCC cell lines. Int. J. Cancer, 136, E207–218 (2015)OlthofN.C.SpeelE.J.M.Viral load, gene expression and mapping of viral integration sites in HPV16-associated HNSCC cell linesInt. J. Cancer136E207218201510.1002/ijc.29112537055525082736Search in Google Scholar
Gao G., Wang J., Kasperbauer J.L., Tombers N.M., Teng F., Gou H., Zhao Y., Bao Z., Smith D.I.: Whole genome sequencing reveals complexity in both HPV sequences present and HPV integrations in HPV-positive oropharyngeal squamous cell carcinomas. BMC Cancer, 19, 1–15 (2019)GaoG.WangJ.KasperbauerJ.L.TombersN.M.TengF.GouH.ZhaoY.BaoZ.SmithD.I.Whole genome sequencing reveals complexity in both HPV sequences present and HPV integrations in HPV-positive oropharyngeal squamous cell carcinomasBMC Cancer19115201910.1186/s12885-019-5536-1646054030975103Search in Google Scholar
Koneva L.A., Zhang Y., Virani S., Hall P.B., McHugh J.B., Chepeha D.B., Wolf G.T., Carey T.E., Rozek L.S., Sartor M.A.: HPV Integration in HNSCC Correlates with Survival Outcomes, Immune Response Signatures, and Candidate Drivers. Mol. Cancer Res.16, 90–102 (2018)KonevaL.A.ZhangY.ViraniS.HallP.B.McHughJ.B.ChepehaD.B.WolfG.T.CareyT.E.RozekL.S.SartorM.A.HPV Integration in HNSCC Correlates with Survival Outcomes, Immune Response Signatures, and Candidate DriversMol. Cancer Res.1690102201810.1158/1541-7786.MCR-17-0153575256828928286Search in Google Scholar
Mellin H., Dahlgren L., Munck-Wikland E., Lindholm J., Rabbani H., Kalantari M., Dalianis T.: Human papillomavirus type 16 is episomal and a high viral load may be correlated to better prognosis in tonsillar cancer. Int. J. Cancer, 102, 152–158 (2002)MellinH.DahlgrenL.Munck-WiklandE.LindholmJ.RabbaniH.KalantariM.DalianisT.Human papillomavirus type 16 is episomal and a high viral load may be correlated to better prognosis in tonsillar cancerInt. J. Cancer102152158200210.1002/ijc.1066912385011Search in Google Scholar
Nulton T.J., Kim N.K., DiNardo L.J., Morgan I.M., Windle B.: Patients with integrated HPV16 in head and neck cancer show poor survival. Oral Oncol.80, 52–55 (2018)NultonT.J.KimN.K.DiNardoL.J.MorganI.M.WindleB.Patients with integrated HPV16 in head and neck cancer show poor survivalOral Oncol.805255201810.1016/j.oraloncology.2018.03.015593038429706188Search in Google Scholar
Mandel P., Metais P.: Les acides nucleiques du plasma sanguin chez l’Homme. C R Seances Soc. Biol. Fil.142, 241–243 (1948)MandelP.MetaisP.Les acides nucleiques du plasma sanguin chez l’HommeC R Seances Soc. Biol. Fil.1422412431948Search in Google Scholar
Leon S.A., Shapiro B., Sklaroff D.M., Yaros M.J.: Free DNA in the serum of cancer patients and the effect of therapy. Cancer Res.37, 646–650 (1977)LeonS.A.ShapiroB.SklaroffD.M.YarosM.J.Free DNA in the serum of cancer patients and the effect of therapyCancer Res.376466501977Search in Google Scholar
Diaz Jr L.A., Bardelli A.: Liquid biopsies: genotyping circulating tumor DNA. J. Clin. Oncol.32, 579–586 (2014)Diaz JrL.A.BardelliA.Liquid biopsies: genotyping circulating tumor DNAJ. Clin. Oncol.32579586201410.1200/JCO.2012.45.2011482076024449238Search in Google Scholar
Lo Y.M., Zhang J., Leung T.N., Lau T.K., Chang A.M., Hjelm N.M.: Rapid clearance of fetal DNA from maternal plasma. Am. J. Hum. Genet.64, 218–224 (1999)LoY.M.ZhangJ.LeungT.N.LauT.K.ChangA.M.HjelmN.M.Rapid clearance of fetal DNA from maternal plasmaAm. J. Hum. Genet.64218224199910.1086/30220513777209915961Search in Google Scholar
Yu S.C., Lee S.W., Jiang P., Leung T.Y., Chan K.A., Chiu R.W., Lo Y.D.: High-resolution profiling of fetal DNA clearance from maternal plasma by massively paralel sequencing. Clin. Chem.59, 1228–1237 (2013)YuS.C.LeeS.W.JiangP.LeungT.Y.ChanK.A.ChiuR.W.LoY.D.High-resolution profiling of fetal DNA clearance from maternal plasma by massively paralel sequencingClin. Chem.5912281237201310.1373/clinchem.2013.20367923603797Search in Google Scholar
Emlen W., Mannik M.: Effect of DNA size and strandedness on the in vivo clearance and organ localization of DNA. Clin. Exp. Immunol.56, 185–192 (1984)EmlenW.MannikM.Effect of DNA size and strandedness on the in vivo clearance and organ localization of DNAClin. Exp. Immunol.561851921984Search in Google Scholar
Diehl F., Vogelstein B. i wsp.: Detection and quantification of mutations in the plasma of patients with colorectal tumors. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 102, 16368–16373 (2005)DiehlF.VogelsteinB.Detection and quantification of mutations in the plasma of patients with colorectal tumorsProc. Natl. Acad. Sci. USA1021636816373200510.1073/pnas.0507904102128345016258065Search in Google Scholar
Jahr S., Hentze H., Englisch S., Hardt D., Fackelmayer F.O., Hesch R.D., Knippers R.: DNA fragments in the blood plasma of cancer patients: quantitations and evidence for their origin from apoptotic and necrotic cells. Cancer Res.61, 1659–1665 (2001)JahrS.HentzeH.EnglischS.HardtD.FackelmayerF.O.HeschR.D.KnippersR.DNA fragments in the blood plasma of cancer patients: quantitations and evidence for their origin from apoptotic and necrotic cellsCancer Res.61165916652001Search in Google Scholar
Mouliere F., Thierry A.R. i wsp.: Circulating Cell-Free DNA from Colorectal Cancer Patients May Reveal High KRAS or BRAF Mutation Load. Transl. Oncol.6, 319–328 (2013)MouliereF.ThierryA.R.Circulating Cell-Free DNA from Colorectal Cancer Patients May Reveal High KRAS or BRAF Mutation LoadTransl. Oncol.6319328201310.1593/tlo.12445366080123730412Search in Google Scholar
Sacher AG, Paweletz C, Dahlberg SE, Alden R.S., O’Connell A., Feeney N., Mach S.L., Jänne P.A., Oxnard G.R.: Prospective Validation of Rapid Plasma Genotyping for the Detection of EGFR and KRAS Mutations in Advanced Lung Cancer. JAMA Oncol.2, 1014–1022 (2016)SacherAGPaweletzCDahlbergSEAldenR.S.O’ConnellA.FeeneyN.MachS.L.JänneP.A.OxnardG.R.Prospective Validation of Rapid Plasma Genotyping for the Detection of EGFR and KRAS Mutations in Advanced Lung CancerJAMA Oncol.210141022201610.1001/jamaoncol.2016.0173498279527055085Search in Google Scholar
Kuo Y.B., Chen J.S., Fan C.W. Li Y.S., Chan E.C.: Comparison of KRAS mutation analysis of primary tumors and matched circulating cell-free DNA in plasmas of patients with colorectal cancer. Clin. Chim. Acta, 433, 284–289 (2014)KuoY.B.ChenJ.S.FanC.W.LiY.S.ChanE.C.Comparison of KRAS mutation analysis of primary tumors and matched circulating cell-free DNA in plasmas of patients with colorectal cancerClin. Chim. Acta433284289201410.1016/j.cca.2014.03.02424685572Search in Google Scholar
Han J.Y., Choi J.J., Kim J.Y., Han Y.L., Lee G.K.: PNA clamping-assisted fluorescence melting curve analysis for detecting EGFR and KRAS mutations in the circulating tumor DNA of patients with advanced non-small cell lung cancer. BMC Cancer, 16, 1–10 (2016)HanJ.Y.ChoiJ.J.KimJ.Y.HanY.L.LeeG.K.PNA clamping-assisted fluorescence melting curve analysis for detecting EGFR and KRAS mutations in the circulating tumor DNA of patients with advanced non-small cell lung cancerBMC Cancer161102016Search in Google Scholar
Pathak A.K., Bhutani M., Kumar S., Mohan A., Guleria R.: Circulating cell-free DNA in plasma/serum of lung cancer patients as a potential screening and prognostic tool. Clin. Chem.52, 1833–1842 (2006)PathakA.K.BhutaniM.KumarS.MohanA.GuleriaR.Circulating cell-free DNA in plasma/serum of lung cancer patients as a potential screening and prognostic toolClin. Chem.52183318422006Search in Google Scholar
Schwarzenbach H., Hoon D.S., Pantel K.: Cell-free nucleic acids as biomarkers in cancer patients. Nat. Rev. Cancer, 11, 426–437 (2011)SchwarzenbachH.HoonD.S.PantelK.Cell-free nucleic acids as biomarkers in cancer patientsNat. Rev. Cancer11426437201110.1038/nrc306621562580Search in Google Scholar
van Ginkel J.H., Slieker F.J.B., de Bree R., van Es R.J., Van Cann E.M., Willems S.M.: Cell-free nucleic acids in body fluids as biomarkers for the prediction and early detection of recurrent head and neck cancer: A systematic review of the literature. Oral Oncol.75, 8–15 (2017)van GinkelJ.H.SliekerF.J.B.de BreeR.van EsR.J.Van CannE.M.WillemsS.M.Cell-free nucleic acids in body fluids as biomarkers for the prediction and early detection of recurrent head and neck cancer: A systematic review of the literatureOral Oncol.75815201710.1016/j.oraloncology.2017.10.00729224828Search in Google Scholar
Swiecicki P.L., Brennan J.R., Mierzwa M., Spector M.E., Brenner J.C.: Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Detection and Surveillance: Advances of Liquid Biomarkers. Laryngoscope, 129, 1836–1843 (2019)SwiecickiP.L.BrennanJ.R.MierzwaM.SpectorM.E.BrennerJ.C.Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Detection and Surveillance: Advances of Liquid BiomarkersLaryngoscope12918361843201910.1002/lary.27725658654630570748Search in Google Scholar
Keller L., Belloum Y., Wikman H., Pantel K.: Clinical relevance of blood-based ctDNA analysis: mutation detection and beyond. Br. J. Cancer, 124, 345–358 (2021)KellerL.BelloumY.WikmanH.PantelK.Clinical relevance of blood-based ctDNA analysis: mutation detection and beyondBr. J. Cancer124345358202110.1038/s41416-020-01047-5785255632968207Search in Google Scholar
Jakobsen K.K., Carlander A.F., Bendtsen S.K., Garset-Zamani M., Lynggaard C.D., Grønhøj C., von Buchwald C.: Diagnostic Accuracy of HPV Detection in Patients with Oropharyngeal Squamous Cell Carcinomas: A Systematic Review and Meta-Analysis. Viruses, 13, 1692 (2021)JakobsenK.K.CarlanderA.F.BendtsenS.K.Garset-ZamaniM.LynggaardC.D.GrønhøjC.von BuchwaldC.Diagnostic Accuracy of HPV Detection in Patients with Oropharyngeal Squamous Cell Carcinomas: A Systematic Review and Meta-AnalysisViruses131692202110.3390/v13091692847300134578274Search in Google Scholar
Wuerdemann N., Jain R., Adams A., Speel E.J.M., Wagner S., Joosse S. A., Klussmann J.P.: Cell-Free HPV-DNA as a Biomarker for Oropharyngeal Squamous Cell Carcinoma-A Step Towards Personalized Medicine? Cancers, 12, 2997 (2020)WuerdemannN.JainR.AdamsA.SpeelE.J.M.WagnerS.JoosseS.A.KlussmannJ.P.Cell-Free HPV-DNA as a Biomarker for Oropharyngeal Squamous Cell Carcinoma-A Step Towards Personalized Medicine?Cancers122997202010.3390/cancers12102997760270233076524Search in Google Scholar
Lee J.Y., Bhide S.: Predicting response to radical (chemo)radiotherapy with circulating HPV DNA in locally advanced head and neck squamous carcinoma. Brit. J. Cancer, 117, 876–883 (2017)LeeJ.Y.BhideS.Predicting response to radical (chemo)radiotherapy with circulating HPV DNA in locally advanced head and neck squamous carcinomaBrit. J. Cancer117876883201710.1038/bjc.2017.258558999928809864Search in Google Scholar
Dermody S.M., Haring C.T., Bhambhani C., Tewari M., Brenner J.C., Swiecicki P.L.: Surveillance and Monitoring Techniques for HPV-Related Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: Circulating Tumor DNA. Curr. Treat. Option On.22, 1–11 (2021)DermodyS.M.HaringC.T.BhambhaniC.TewariM.BrennerJ.C.SwiecickiP.L.Surveillance and Monitoring Techniques for HPV-Related Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: Circulating Tumor DNACurr. Treat. Option On.22111202110.1007/s11864-021-00821-8841130133559043Search in Google Scholar
Mazurek A.M., Fiszer-Kierzkowska A., Rutkowski T., Składowski K., Pierzyna M., Ścieglińska D., Woźniak G., Głowacki G., Kawczyński R., Małusecka E.: Optimization of circulating cell-free DNA recovery for KRAS mutation and HPV detection in plasma. Cancer Biomark.13, 385–394 (2013)MazurekA.M.Fiszer-KierzkowskaA.RutkowskiT.SkładowskiK.PierzynaM.ŚcieglińskaD.WoźniakG.GłowackiG.KawczyńskiR.MałuseckaE.Optimization of circulating cell-free DNA recovery for KRAS mutation and HPV detection in plasmaCancer Biomark.13385394201310.3233/CBM-13037124440979Search in Google Scholar
Pérez-Barrios C., Nieto-Alcolado I., Torrente M., Jiménez-Sánchez C., Calvo V., Gutierrez-Sanz L., Palka M., Donoso-Navarro E., Provencio M., Romero A.: Comparison of methods for circulating cell-free DNA isolation using blood from cancer patients: impact on biomarker testing. Transl. Lung Cancer Res.5, 665–672 (2016)Pérez-BarriosC.Nieto-AlcoladoI.TorrenteM.Jiménez-SánchezC.CalvoV.Gutierrez-SanzL.PalkaM.Donoso-NavarroE.ProvencioM.RomeroA.Comparison of methods for circulating cell-free DNA isolation using blood from cancer patients: impact on biomarker testingTransl. Lung Cancer Res.5665672201610.21037/tlcr.2016.12.03523387828149760Search in Google Scholar
Capone R.B., Pai S.I., Koch W.M., Gillison M.L., Danish H.N., Westra W.H., Daniel R., Shah K.V., Sidransky D.: Detection and quantitation of human papillomavirus (HPV) DNA in the sera of patients with HPV-associated head and neck squamous cell carcinoma. Clin. Cancer Res.6, 4171–4175 (2000)CaponeR.B.PaiS.I.KochW.M.GillisonM.L.DanishH.N.WestraW.H.DanielR.ShahK.V.SidranskyD.Detection and quantitation of human papillomavirus (HPV) DNA in the sera of patients with HPV-associated head and neck squamous cell carcinomaClin. Cancer Res.6417141752000Search in Google Scholar
Cao H, Le Q.T. i wsp.: Quantitation of human papillomavirus DNA in plasma of oropharyngeal carcinoma patients. Int. J. Radiat. Oncol. Bio.l Phys.82, e351–e358 (2012)CaoHLeQ.T.Quantitation of human papillomavirus DNA in plasma of oropharyngeal carcinoma patientsInt. J. Radiat. Oncol. Bio.l Phys.82e351e358201210.1016/j.ijrobp.2011.05.061325741121985946Search in Google Scholar
Mazurek A.M., Rutkowski T., Śnietura M., Pigłowski W., Suwiński R., Składowski K.: Detection of circulating HPV16 DNA as a biomarker in the blood of patients with human papillomavirus-positive oropharyngeal squamous cell carcinoma. Head Neck, 41, 632–641 (2019)MazurekA.M.RutkowskiT.ŚnieturaM.PigłowskiW.SuwińskiR.SkładowskiK.Detection of circulating HPV16 DNA as a biomarker in the blood of patients with human papillomavirus-positive oropharyngeal squamous cell carcinomaHead Neck41632641201910.1002/hed.2536830566259Search in Google Scholar
Ahn S.M., Chan J.Y., Zhang Z., Wang H., Khan Z., Bishop J.A., Westra W., Koch W.M., Califano J.A.: Saliva and plasma quantitative polymerase chain reaction-based detection and surveillance of human papillomavirus-related head and neck cancer. JAMA Otolaryngol. Head Neck Surg.140, 846–854 (2014)AhnS.M.ChanJ.Y.ZhangZ.WangH.KhanZ.BishopJ.A.WestraW.KochW.M.CalifanoJ.A.Saliva and plasma quantitative polymerase chain reaction-based detection and surveillance of human papillomavirus-related head and neck cancerJAMA Otolaryngol. Head Neck Surg.140846854201410.1001/jamaoto.2014.1338431390425078109Search in Google Scholar
Hindson C.M., Chevillet J.R., Briggs H.A., Gallichotte E.N., Ruf I.K., Hindson B.J., Vessella R.L., Tewari M.: Absolute quantification by droplet digital PCR versus analog real-time PCR. Nat. Methods, 10, 1003–1005 (2013)HindsonC.M.ChevilletJ.R.BriggsH.A.GallichotteE.N.RufI.K.HindsonB.J.VessellaR.L.TewariM.Absolute quantification by droplet digital PCR versus analog real-time PCRNat. Methods1010031005201310.1038/nmeth.2633411867723995387Search in Google Scholar
Chera B.S., Gupta G.P. i wps.: Rapid Clearance Profile of Plasma Circulating Tumor HPV Type 16 DNA during Chemoradiotherapy Correlates with Disease Control in HPV-Associated Oropharyngeal Cancer. Clin. Cancer Res.25, 4682–4690 (2019)CheraB.S.GuptaG.P.Rapid Clearance Profile of Plasma Circulating Tumor HPV Type 16 DNA during Chemoradiotherapy Correlates with Disease Control in HPV-Associated Oropharyngeal CancerClin. Cancer Res.2546824690201910.1158/1078-0432.CCR-19-0211667976631088830Search in Google Scholar
Hanna G.J., Supplee J.G., Kuang Y., Mahmood U., Lau C.J., Haddad R.I., Jänne P.A., Paweletz C.P. Plasma HPV cell-free DNA monitoring in advanced HPV-associated oropharyngeal cancer. Ann. Oncol.29, 1980–1986 (2018)HannaG.J.SuppleeJ.G.KuangY.MahmoodU.LauC.J.HaddadR.I.JänneP.A.PaweletzC.P.Plasma HPV cell-free DNA monitoring in advanced HPV-associated oropharyngeal cancerAnn. Oncol.2919801986201810.1093/annonc/mdy25130010779Search in Google Scholar
Dahlstrom K.R., Li G., Hussey C.S., Mahmood U., Lau C.J., Haddad R.I., Jänne P.A., Paweletz C.P.: Circulating human papillomavirus DNA as a marker for disease extent and recurrence among patients with oropharyngeal cancer. Cancer, 121, 3455–3464 (2015)DahlstromK.R.LiG.HusseyC.S.MahmoodU.LauC.J.HaddadR.I.JänneP.A.PaweletzC.P.Circulating human papillomavirus DNA as a marker for disease extent and recurrence among patients with oropharyngeal cancerCancer12134553464201510.1002/cncr.29538457561226094818Search in Google Scholar
Dok R., Nuyts S.: HPV Positive Head and Neck Cancers: Molecular Pathogenesis and Evolving Treatment Strategies. Cancers, 8, 41 (2016)DokR.NuytsS.HPV Positive Head and Neck Cancers: Molecular Pathogenesis and Evolving Treatment StrategiesCancers841201610.3390/cancers8040041Search in Google Scholar
Kawecki A., Nawrocki S., Golusiński W., Grzesiakowska U., Jassem J., Krajewski R., Olszewski W.: Nowotwory nabłonkowe narządów głowy i szyi. Zalecenia postępowania diagnostyczno-terapeutycznego w nowotworach złośliwych. Sierpień 2014r. http://onkologia.zalecenia.med.pl/pdf/zalecenia_PTOK_tom1_01_Nowotwory_nablonkowe_glowy_i_szyi_20140807.pdf (16.06.2020)KaweckiA.NawrockiS.GolusińskiW.GrzesiakowskaU.JassemJ.KrajewskiR.OlszewskiW.Nowotwory nabłonkowe narządów głowy i szyi. Zalecenia postępowania diagnostyczno-terapeutycznego w nowotworach złośliwychSierpień 2014r. http://onkologia.zalecenia.med.pl/pdf/zalecenia_PTOK_tom1_01_Nowotwory_nablonkowe_glowy_i_szyi_20140807.pdf (16.06.2020)Search in Google Scholar
Hanna G.J., Lau C.J., Mahmood U., Supplee J.G., Mogili A.R., Haddad R. Jännea P.A., Paweletz C.P.: Salivary HPV DNA informs locoregional disease status in advanced HPV-associated oropharyngeal cancer. Oral Oncol.95, 120–126 (2019)HannaG.J.LauC.J.MahmoodU.SuppleeJ.G.MogiliA.R.HaddadR.JänneaP.A.PaweletzC.P.Salivary HPV DNA informs locoregional disease status in advanced HPV-associated oropharyngeal cancerOral Oncol.95120126201910.1016/j.oraloncology.2019.06.019Search in Google Scholar
Lell M., Baum U., Greess H., Nömayr A., Nkenke E., Koester M., Lenz M., Bautz W.: Head and neck tumors: imaging recurrent tumor and post-therapeutic changes with CT and MRI. Eur. J. Radiol.33, 239–247 (2000)LellM.BaumU.GreessH.NömayrA.NkenkeE.KoesterM.LenzM.BautzW.Head and neck tumors: imaging recurrent tumor and post-therapeutic changes with CT and MRIEur. J. Radiol.33239247200010.1016/S0720-048X(99)00120-5Search in Google Scholar
Rutkowski T.W., Widłak P.: Circulating HPV16 DNA may complement imaging assessment of early treatment efficacy in patients with HPV-positive oropharyngeal cancer. J. Transl. Med.18, 1–10 (2020)RutkowskiT.W.WidłakP.Circulating HPV16 DNA may complement imaging assessment of early treatment efficacy in patients with HPV-positive oropharyngeal cancerJ. Transl. Med.18110202010.1186/s12967-020-02330-y715803332293457Search in Google Scholar
