Molecular typing of bacteria for epidemiological surveillance and outbreak investigation / Molekulare Typisierung von Bakterien für die epidemiologische Überwachung und Ausbruchsabklärung

Die ständige Bedrohung durch Mikroorganismen stellte eine große Herausforderung für die Gesundheit von Mensch und Tier, für die landwirtsschaftliche Produktion, die Lebensmittelproduktion und die öffentlichen Sicherheit dar. Die Identifizierung pathogener Bakterienarten und die Rückverfolgbarkeit von Bakterienstämmen (auf Grundlage gut charakterisierter Isolate) zur Infektionsquelle sind für die Aufklärung von Krankheitsausbrüchen und von Übertragungswegen unbedingt erforderlich.

Im Vergleich zur Artbestimmung stellt die Identifizierung der Infektionsquelle und die Verfolgbarkeit der Ausbreitung von Infektionskrankheiten eine viel größere und oft vergebliche Herausforderung dar. Ursache dafür ist die Unberechenbarkeit von Mikroorgansismen: wie, wann und wo sie sich in Gesundheitseinrichtungen und in der Öffentlichkeit ausbreiten, Nahrungsketten kontaminieren und schließlich natürliche oder durch Menschen verschuldete Ausbrüche verursachen. Unter Typisierung versteht man die Charakterisierung von Bakterienisolaten, oder Bakterienstämmen innerhalb einer Art oder Unterart. In den letzten Jahren haben molekularbiologische Methoden phänotypische Methoden weitgehend verdrängt und mit der “molekularen Epidemiologie” ist eine neue Disziplin entstanden. Molekulare Techniken haben die Artbestimmung und die Charakterisierung von Mikroorganismen deutlich vereinfacht. Molekulare Typisierungsmethoden können in drei Kategorien unterteilt werden: (a) PCR-basierte Methoden, (b) DNA Fragmentanalyse basierte Methoden und (c) DNA Sequenz basierte Methoden einschließlich der Gesamtgenomsequenzierung.