Primers | Sequences (5’ to 3’) | Target gene | Amplicon size | Reference |
---|---|---|---|---|
TEM-F | ATA AAA TTC TTG AAG ACG AAA | TEM | 1.086 bp | (2, 19) |
TEM-R | GAC AGT TAC CAA TGC TTA ATC | |||
CTX-F | CGC TTT GCG ATG TGC AG | CTX | 550 bp | (2, 19) |
CTX-R | ACC GCG ATA TCG TTG GT |
Sample code | Resistance | MDR | ESBL-positivity | Identified gene | |||||||
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TE | ST | C | W | ATM | |||||||
Farm 1 | TS1 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS2 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS3 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 2 | TS4 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS5 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS6 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 3 | TS7 | + | + | + | + | − | − | + | − | + | − |
TS8 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 4 | TS9 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
Farm 5 | TS10 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS11 | + | + | + | − | + | + | + | + | − | + | |
Farm 6 | TS12 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS13 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS14 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS15 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS16 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 7 | TS17 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS18 | + | − | + | − | − | − | − | − | − | − | |
TS19 | + | − | + | − | − | + | − | − | − | − | |
TS20 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 8 | TS21 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS22 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS23 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 9 | TS24 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS25 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 10 | TS26 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
Farm 11 | TS27 | + | + | + | + | − | − | + | − | + | − |
TS28 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 12 | TS29 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS30 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 13 | TS31 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS32 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 14 | TS33 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS34 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS35 | + | − | + | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 15 | TS36 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS37 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS38 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 16 | TS39 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS40 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS41 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 17 | TS42 | + | + | + | − | + | − | + | − | + | − |
TS43 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS44 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS45 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS46 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 18 | TS47 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
Farm 19 | TS48 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS49 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 20 | TS50 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS51 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 21 | TS52 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS53 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS54 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS55 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS56 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS57 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 22 | TS58 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS59 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS60 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 23 | TS61 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
Farm 24 | TS62 | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS63 | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 25 | TS64 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS65 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS66 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS67 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 26 | TS68 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS69 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 27 | TS70 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS71 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS72 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 28 | TS73 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
Farm 29 | TS74 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS75 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 30 | TS76 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
Farm 31 | TS77 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS78 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 32 | TS79 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS80 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS81 | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS82 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 33 | TS83 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS84 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 34 | TS85 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS86 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 35 | TS87 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS88 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 36 | TS89 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS90 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 37 | TS91 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS92 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 38 | TS93 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS94 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS95 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 39 | TS96 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS97 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS98 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 40 | TS99 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
Farm 41 | TS100 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
Farm 42 | TS101 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS102 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 43 | TS103 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS104 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 44 | TS105 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS106 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS107 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Farm 45 | TS108 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
TS109 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
TS110 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Total | 101 | 7 | 7 | 2 | 2 | 2 | 4 | 1 | 3 | 1 | |
Percentage | 6.93 | 6.93 | 1.98 | 1.98 | 1.98 | 3.96 | 0.99 | 2.97 | 0.99 |