<trans-abstract xml:lang="en" xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">

<p>Bacteria belonging to the genus <italic>Azotobacter</italic> are the subject of many studies conducted both in Poland and around the world. The interest in this group of bacteria is largely related to their properties being very useful for agriculture. Recent studies are based on advanced molecular methods and genomic sequence of the two species: <italic>Azotobacter vinelandii</italic> and <italic>Azotobacter chroococcum</italic>. In 2009, Setubal et al. published the complete genome sequence of <italic>Azotobacter vinelandii</italic> DJ, while the full sequence of <italic>Azotobacter chroococcum</italic> 8003 genome was published by Robson <italic>et al</italic>. in publication from 2015. Both bacteria have a single, circular chromosome of 5,355,318 bp and 5,192,291 bp respectively. Understanding and comparing the genome sequence of <italic>Azotobacter vinelandii</italic> DJ and <italic>Azotobacter chroococcum</italic> 8003 answered many questions about the evolution, diversity and location of these bacteria in the environment. The sequencing of a larger number of genomes of other <italic>A. chroococcum</italic> and <italic>A. vinelandii</italic> strains would bring many benefits and would help to organize the existing knowledge about them.</p>
</trans-abstract>

Bacteria belonging to the genus Azotobacter are the subject of many studies conducted both in Poland and around the world. The interest in this group of bacteria is largely related to their properties being very useful for agriculture. Recent studies are based on advanced molecular methods and genomic sequence of the two species: Azotobacter vinelandii and Azotobacter chroococcum. In 2009, Setubal et al. published the complete genome sequence of Azotobacter vinelandii DJ, while the full sequence of Azotobacter chroococcum 8003 genome was published by Robson et al. in publication from 2015. Both bacteria have a single, circular chromosome of 5,355,318 bp and 5,192,291 bp respectively. Understanding and comparing the genome sequence of Azotobacter vinelandii DJ and Azotobacter chroococcum 8003 answered many questions about the evolution, diversity and location of these bacteria in the environment. The sequencing of a larger number of genomes of other A. chroococcum and A. vinelandii strains would bring many benefits and would help to organize the existing knowledge about them.

Systematyka i Analizy Genomiczne Bakterii z Rodzaju <italic>Azotobacter</italic>

Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa, Państwowy Instytut Badawczy

Advancements of Microbiology

This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Systematyka i Analizy Genomiczne Bakterii z Rodzaju 

<abstract xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">

<p>Bakterie z rodzaju <italic>Azotobacter</italic> są przedmiotem wielu badań prowadzonych zarówno w Polsce jak i za granicą. Zainteresowanie tą grupą bakterii w dużej mierze związane jest z ich właściwościami, które mogą być wykorzystywane w rolnictwie. Najnowsze badania opierają się na zaawansowanych metodach molekularnych i bazują na poznanej sekwencji genomów dwóch gatunków: <italic>Azotobacter vinelandii</italic> i <italic>Azotobacter chroococcum</italic>. W 2009 roku Setubal i in. opublikowali pełną sekwencję genomu <italic>Azotobacter vinelandii</italic> DJ, z kolei pełną sekwencję genomu <italic>Azotobacter chroococcum</italic> 8003 opublikowali Robson i in. w pracy z 2015 roku. Obie bakterie mają pojedynczy, kolisty chromosom o wielkości odpowiednio 5,365,318 pz. i 5,192,291 pz. Poznanie i porównanie sekwencji genomów <italic>Azotobacter vinelandii</italic> DJ i <italic>Azotobacter chroococcum</italic> 8003 pozwoliło odpowiedzieć na wiele pytań dotyczących ewolucji, różnorodności i miejsca tych bakterii w środowisku. Zsekwencjonowanie większej liczby genomów innych szczepów <italic>A. chroococcum</italic> i <italic>A. vinelandii</italic> przyniosłoby wiele korzyści i pozwoliłoby uporządkować dotychczasową wiedzę na ich temat.</p>
</abstract>

Bakterie z rodzaju Azotobacter są przedmiotem wielu badań prowadzonych zarówno w Polsce jak i za granicą. Zainteresowanie tą grupą bakterii w dużej mierze związane jest z ich właściwościami, które mogą być wykorzystywane w rolnictwie. Najnowsze badania opierają się na zaawansowanych metodach molekularnych i bazują na poznanej sekwencji genomów dwóch gatunków: Azotobacter vinelandii i Azotobacter chroococcum. W 2009 roku Setubal i in. opublikowali pełną sekwencję genomu Azotobacter vinelandii DJ, z kolei pełną sekwencję genomu Azotobacter chroococcum 8003 opublikowali Robson i in. w pracy z 2015 roku. Obie bakterie mają pojedynczy, kolisty chromosom o wielkości odpowiednio 5,365,318 pz. i 5,192,291 pz. Poznanie i porównanie sekwencji genomów Azotobacter vinelandii DJ i Azotobacter chroococcum 8003 pozwoliło odpowiedzieć na wiele pytań dotyczących ewolucji, różnorodności i miejsca tych bakterii w środowisku. Zsekwencjonowanie większej liczby genomów innych szczepów A. chroococcum i A. vinelandii przyniosłoby wiele korzyści i pozwoliłoby uporządkować dotychczasową wiedzę na ich temat.

Systematyka i Analizy Genomiczne Bakterii z Rodzaju

Systematics and Genomic Analysis of Bacteria of the Genus

Bacteria belonging to the genus Azotobacter are the subject of many studies conducted both in Poland and around the world. The interest in this group of...

Cecha charakterystyczna	Azotobacter vinelandii DJ	Pseudomonas stutzeri A1501
Wielkość genomu (pz)	5 365 318	4 567 418
%GC	65,7	63,9
Całkowita liczba genów kodujących białka	5 051	4 128
Liczba operonów rRNA	6	4
tRNA	64	61
16S rRNA	6	4

Szczep Azotobacter	Wielkość (pz)	GC %	Geny kodujące białka	Geny kodujące rRNA	Geny kodujące tRNA	Non-coding RNA	Pseudogeny	Total functional Genes
Ac-8003
Chromosom	4 591 803	66,3	3 959	18	66	44	72	4 087
Plazmid pAcX50f	311 724	62,7	292	0	0	4	13	296
Plazmid pAcX50e	132 372	61,9	111	0	0	4	10	115
Plazmid pAcX50d	69 317	59,2	55	0	0	3	7	58
Plazmid pAcX50c	62 783	56,7	49	0	0	1	2	50
Plazmid pAcX50b	13 852	55,3	10	0	0	2	0	12
Plazmid pAcX50a	10 435	58,1	9	0	0	1	0	10
Ac-8003 (całkowity genom)	5 192 291	65,7	4 485	18	66	59	104	4 628
Av-DJ
Chromosom	5 365 318	65 7	4 660	18	64	47	64	4 789

Systematyka i Analizy Genomiczne Bakterii z Rodzaju Azotobacter

Pubblicato online: 30 dic 2021

Pagine: 299 - 308

Ricevuto: 01 ott 2020

Accettato: 01 set 2021

DOI: https://doi.org/10.21307/pm-2021.60.4.23

Parole chiave
spp., taxonomy, genetic identification, genome sequence

© 2021 Monika Kozieł et al., published by Sciendo

This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Cechy charakterystyczne dla genomów Azotobacter vinelandii DJ i Pseudomonas stutzeri A1501

Porównanie genomów Azotobacter chroococcum 8003 i Azotobacter vinelandii DJ

Systematyka i Analizy Genomiczne Bakterii z Rodzaju Azotobacter

Pubblicato online: 30 dic 2021

Pagine: 299 - 308

Ricevuto: 01 ott 2020

Accettato: 01 set 2021

DOI: https://doi.org/10.21307/pm-2021.60.4.23

Parole chiavespp., taxonomy, genetic identification, genome sequence

© 2021 Monika Kozieł et al., published by Sciendo

This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Cechy charakterystyczne dla genomów Azotobacter vinelandii DJ i Pseudomonas stutzeri A1501

Porównanie genomów Azotobacter chroococcum 8003 i Azotobacter vinelandii DJ

Parole chiave
spp., taxonomy, genetic identification, genome sequence