Processing optimization with parallel computing for the J-PET scanner

1. Moskal, P. (2010). Patent applications: PCT/PL2010/00062, PCT/PL2010/00061.Search in Google Scholar

2. Moskal, P., Salabura, P., Silarski, M., Smyrski, J., Zdebik, J., & Zieliński, M. (2011). Novel detector systems for the Positron Emission Tomography. Bio-Algorithms and Med-Systems, 7, 73–78. [arXiv:1305.5187].Search in Google Scholar

3. Moskal, P., Niedźwiecki, Sz., Bednarski, T., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kubicz, E., Moskal, I., Pawlik-Niedźwiecka, M., Sharma, N. G., Silarski, M., Zieliński, M., Zoń, N., Białas, P., Gajos, A., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Molenda, M., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., & Wiślicki, W. (2014). Test of a single module of the J-PET scanner based on plastic scintillators. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A-Accel. Spectrom. Dect. Assoc. Equip., 764, 317–321. DOI: 10.1016/j.nima.2014.07.052. [arXiv:1407.7395].10.1016/j.nima.2014.07.052Search in Google Scholar

4. Moskal, P., Zoń, N., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Gajos, A., Kamińska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Rundel, O., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., & Zieliński, M. (2015). A novel method for the line-of-response and time-of-flight reconstruction in TOF-PET detectors based on a library of synchronized model signals. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A-Accel. Spectrom. Dect. Assoc. Equip., 775, 54–62. DOI: 10.1016/j.nima.2014.12.005. [arXiv:1412.6963].10.1016/j.nima.2014.12.005Search in Google Scholar

5. Raczynski, L., Moskal, P., Kowalski, P., Wiślicki, W., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Gajos, A., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Rudy, Z., Rundel, O., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Zieliński, M., & Zoń, N. (2015). Compressive sensing of signals generated in plastic scintillators in a novel J-PET instrument. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A-Accel. Spectrom. Dect. Assoc. Equip., 786, 105–112. DOI: 10.1016/j.nima.2015.03.032. [arXiv:1503.05188].10.1016/j.nima.2015.03.032Search in Google Scholar

6. Wieczorek, A., Moskal, P., Niedźwiecki, Sz., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Danel, A., Gajos, A., Gruntowski, A., Kamińska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Molenda, M., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Rundel, O., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Uchacz, T., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zoń, N. (2015). A pilot study of the novel J-PET plastic scintillator with 2-(4-styrylphenyl)benzoxazole as a wavelength shifter. Acta Phys. Pol. A, 127(5), 1487–1490. DOI: 10.12693/APhysPolA.127.1487. [arXiv:1502.02901].10.12693/APhysPolA.127.1487Search in Google Scholar

7. Moskal, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Bednarski, T., Białas, P., Bulka, J., Czerwiński, E., Gajos, A., Kamińska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Rundel, O., Salabura, P., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Wochlik, I., Zieliński, M., & Zoń, N. (2015). Hit time and hit position reconstruction in the J-PET detector based on a library of averaged model signals. Acta Phys. Pol. A, 127(5), 1495–1499. DOI: 10.12693/APhysPolA.127.149. [arXiv:1502.07886].Search in Google Scholar

8. Kowalski, P., Moskal, P., Wiślicki, W., Raczyński, L., Bednarski, T., Białas, P., Bułka, J., Czerwiński, E., Gajos, A., Gruntowski, A., Kamińska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wochlik, I., Zieliński, M., & Zoń, N. (2015). Multiple scattering and accidental coincidences in the J-PET detector simulated using GATE package. Acta Phys. Pol. A, 127(5), 1505–1512. DOI: 10.12693/APhysPolA.127.1505. [arXiv:1502.04532].10.12693/APhysPolA.127.1505Search in Google Scholar

9. Kamińska, D., Gajos, A., Czerwiński, E., Bednarski, T., Białas, P., Gorgol, M., Jasińska, B., Kapłon, Ł., Korcyl, G., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Rundel, O., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., Zgardzińska, B., & Moskal, P. (2015). Searches for discrete symmetries violation in ortho-positronium decay, Nukleonika, 60(4), 729–732.10.1515/nuka-2015-0131Search in Google Scholar

10. Korcyl, G., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Molenda, M., Moskal, P., Niedźwiecki, S., Pałka, M., Pawlik, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Zieliński, M., & Zoń. N. (2014). Trigger-less and reconfigurable data acquisition system for positron emission tomography. Bio-Algorithms and Med-Systems, 10(1), 37–40.10.1515/bams-2013-0115Search in Google Scholar

11. MPI A Message-Passing Internet Standard, from http://www.mpi-forum.org/docs/mpi-3.0/mpi30-report.pdf.Search in Google Scholar

12. OpenMP Open MultiProcessing, from http://openmp.org/wp/.Search in Google Scholar

13. Nickolls, J., Buck, I., Garland, M., & Skadron, K. (2008). Scalable Parallel Programming with CUDA. ACM Queue, 6(2).10.1145/1365490.1365500Search in Google Scholar

14. Grama, A., Gupta, A., Karypis, G., & Kumar, V. (2003). Introduction to Parallel Computing. Adison-Wesley.Search in Google Scholar

15. Pałka, M., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Molenda, M., Moskal, P., Niedźwiecki, Sz., Pawlik, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zoń, N. (2014). A novel method based solely on FPGA units enabling measurement of time and charge of analog signals in Positron Emission Tomography. Bio-Algorithms and Med-Systems, 10(1), 41–45. DOI: 10.1515/bams-2013-0104. [arXiv:1311.6127].10.1515/bams-2013-0104Search in Google Scholar

16. Krzemień, W., Silarski, M., Stola, K., Trybek, D., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Molenda, M., Moskal, P., Niedźwiecki, S., Pałka, M., Pawlik, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zoń, N. (2013). J-PET analysis framework for the prototype TOF-PET detector. Bio-Algorithms and Med-Systems, 10(2), 33–36.Search in Google Scholar

17. Krzemień, W., Gajos, A., Gruntowski, A., Stoła, K., Trybek, D., Bednarski, T., Bialas, P., Czerwiński, E., Kaminska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Kubicz, E., Moskal, P., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zon, N. (2015). Analysis framework for the J-PET scanner. Acta Phys. Pol. A, 127(5), 1491–1494. DOI: 10.12693/APhysPolA.127.1491. [arXiv:1503.00465].10.12693/APhysPolA.127.1491Search in Google Scholar

18. Brun, R., & Rademakers, F. (1997). ROOT – An object oriented data analysis framework. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A-Accel. Spectrom. Dect. Assoc. Equip., 389, 81–86.10.1016/S0168-9002(97)00048-XSearch in Google Scholar

19. PROOF Parallel ROOT Facility, from https://root.cern.ch/drupal/content/proof.Search in Google Scholar

20. Shepp, L. A., & Vardi, Y. (1982). Maximum likelihood reconstruction for emission tomography. IEEE Trans. Med. Imaging, MI-1(2), 113–122.10.1109/TMI.1982.430755818238264Search in Google Scholar

21. Białas, P., Kowal, J., Strzelecki, A., Bednarski, T., Czerwiński, E., Gajos, A., Kamińska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Moskal, P., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Rundel, O., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zoń, N. (2015). GPU accelerated image reconstruction in a two-strip J-PET tomograph. Acta Phys, Pol. A, 127(5), 1500–1504. DOI: 10.12693/APhysPolA.127.1500. [arXiv:1502.07478].10.12693/APhysPolA.127.1500Search in Google Scholar

22. Słomski, A., Rudy, Z., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Molenda, M., Moskal, P., Niedźwiecki, S., Pałka, M., Pawlik, M., Raczyński, L., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zoń, N. (2014). 3D PET image reconstruction based on the maximum likelihood estimation method (MLEM) algorithm. Bio-Algorithms and Med-Systems, 10(2), 1–7.10.1515/bams-2013-0106Search in Google Scholar

23. CIS, Świerk Computing Centre. Retrieved August 01, 2015, from: http://www.cis.gov.pl/en/zasoby_obliczeniowe.Search in Google Scholar

24. Wiślicki, W., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Molenda, M., Moskal, P., Niedźwiecki, S., Pałka, M., Pawlik, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Zieliński, M., & Zoń, N. (2014). Computing support for advanced medical data analysis and imaging. Bio-Algorithms and Med-Systems, 10(2), 53–58.10.1515/bams-2014-0001Search in Google Scholar