Model research of the pig’s microbiome based on “One Health” concept in the light of the shared human and animal health

Mikrobiom człowieka pod względem liczebności bakterii przewyższa liczbę komórek ludzkiego organizmu. Określany jest jako dodatkowy, „zapomniany narząd” i odgrywa podstawową rolę w utrzymaniu wysokiego statusu zdrowotnego, co jest uwarunkowane zachowaniem pożądanych proporcji i naturalnych relacji między bakteriami a komórkami organizmu gospodarza. Nowe metody diagnostyczne umożliwiają profilowanie nie tylko mikrobiomu człowieka, ale i zwierząt gospodarskich. Coraz szersze zastosowanie w badaniach mikrobiomu ma innowacyjna metoda analityczna, jaką jest sekwencjonowanie nowej generacji NGS (next generation sequencig). Wiele bakterii określa się jako „niehodowalne” lub „niemożliwe do wyhodowania”, metagenomika odegrała istotną rolę w poznaniu tych bakterii, a także przyczyniła się do opracowania nowych pożywek, umożliwiających ich hodowlę. Głównym zastosowaniem NGS w mikrobiologii jest zastąpienie konwencjonalnej charakterystyki patogenów, opartej o ocenę morfologii, właściwości barwienia i cech metabolicznych, ich opisem związanym z genomem. Istnieje kilka platform, tj. „narzędzi diagnostycznych” wykorzystujących zróżnicowane technologie sekwencjonowania DNA m.in. Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM), Pacific Biosciences (PacBio) oraz Illumina MiSeq. Badania mikrobiomu trzody chlewnej z wykorzystaniem nowoczesnych technologii sekwencjonowania wydają się więc szczególnie istotne w związku ze zbliżającymi się nieuchronnie zmianami w postępowaniu profilaktycznym i terapeutycznym u zwierząt. Analizy tego typu umożliwiają wnikliwą ocenę wpływu określonych czynników na populacje drobnoustrojów jelitowych oraz poznanie, jak „kształtować” skład mikrobiomu w celu poprawy jakości chowu i utrzymania prawidłowego statusu zdrowotnego świń, wpisując się w koncepcję wspólnego zdrowia ludzi i zwierząt.